| 查看: 2988 | 回复: 2 | |||
wanglang1987铜虫 (小有名气)
|
[求助]
pymol
|
| 在蛋白质数据库上面下载了一个PDB文件，用pymol怎么样看蛋白质的每个原子是什么？能在图上标出来吗？另外，用什么软件可以把二硫键标出来？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 pymol/VMD/Origin |
» 猜你喜欢
材料科学与工程320求调剂，080500
已经有9人回复
-
0703化学调剂 348分
已经有10人回复
-
307求调剂
已经有12人回复
-
求调剂
已经有13人回复
-
一志愿211，0703化学305分求调剂
已经有15人回复
-
284求调剂
已经有14人回复
-
材料工程调剂
已经有5人回复
-
287求调剂
已经有12人回复
-
362求调剂
已经有12人回复
-
273求调剂
已经有42人回复
koalabear8655
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 25.8
- 散金: 20
- 帖子: 26
- 在线: 17.7小时
- 虫号: 758507
- 注册: 2009-04-27
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-10-19 09:46:14
wanglang1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 15:51:15
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-10-19 09:46:14
wanglang1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 15:51:15
|
pymol常规使用会有两个窗口，一个功能按键窗口，一个显示窗口 1，你点你想要的原子，在上面的功能按键窗口就会显示是什么原子了，也可以用select 命令查找你想要的原子。当你选择你要显示原子名的原子后，在显示窗口右边，L下拉可以选择按原子名显示，按残基显示等。一个蛋白你要把原子都显示就是乱七八糟一团了。 2，pymol可以显示二硫键，显示窗口右边 S下拉有个disulfides 里面可以按line sticks 和spheres显示，你可以把整个蛋白用cartoon显示，然后选择二硫键用上述三种方式之一显示。不过pymol里好像没有什么label给二硫键，你不如截了图用PS或者PPT神马的自己标上 |
2楼2012-10-19 09:43:25
wanglang1987
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 317.5
- 散金: 25
- 红花: 1
- 帖子: 165
- 在线: 100.2小时
- 虫号: 2003040
- 注册: 2012-09-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2012-10-19 11:10:45
10