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wanglang1987铜虫 (小有名气)
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pymol
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| 在蛋白质数据库上面下载了一个PDB文件，用pymol怎么样看蛋白质的每个原子是什么？能在图上标出来吗？另外，用什么软件可以把二硫键标出来？ |
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 pymol/VMD/Origin |
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koalabear8655
铁虫 (初入文坛)
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zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-10-19 09:46:14
wanglang1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 15:51:15
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wanglang1987: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-10-19 15:51:15
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pymol常规使用会有两个窗口，一个功能按键窗口，一个显示窗口 1，你点你想要的原子，在上面的功能按键窗口就会显示是什么原子了，也可以用select 命令查找你想要的原子。当你选择你要显示原子名的原子后，在显示窗口右边，L下拉可以选择按原子名显示，按残基显示等。一个蛋白你要把原子都显示就是乱七八糟一团了。 2，pymol可以显示二硫键，显示窗口右边 S下拉有个disulfides 里面可以按line sticks 和spheres显示，你可以把整个蛋白用cartoon显示，然后选择二硫键用上述三种方式之一显示。不过pymol里好像没有什么label给二硫键，你不如截了图用PS或者PPT神马的自己标上 |
2楼2012-10-19 09:43:25
wanglang1987
铜虫 (小有名气)
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3楼2012-10-19 11:10:45
