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decent

新虫 (初入文坛)

[求助] 细菌16S rDNA焦磷酸测序会不会产生真核生物信息? 已有1人参与

我的实验是用焦磷酸测序进行微生物分类鉴定。PCR扩增细菌16S rDNA V1-V3 region,8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3')  and  533R (5'-TTACCGCGGCTGCTGGCAC-3')。Silva106比对,Mothur分析(交给公司做的,技术员走人了)。最后的结果中,大部分序列属于细菌,但有极少量序列被分配到几个真核生物(节足动物门Arthropoda, 棘头动物门Acanthocephala,毛颚动物门Chaetognatha, 软体动物门Mollusca )。这些门类中,Arthropoda有17条序,其他真核门类也就各1条序。真核生物的线粒体16s作为物种鉴定确实有这么个方法,但细菌16s和真核16s的引物应该不是通用的,照理来说不应该产生真核生物信息,不知怎么解释?难道仅仅是errors in taxonomic assignment? 文章在大修,求教中,万分感激!
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大山1928

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

是否是测序时候的污染呢?比如真菌啥的。还有是不是一些基因在物种之间水平传递?
2楼2019-03-08 15:07:13
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