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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 晶体加氢
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Alyssa215

木虫 (著名写手)

[求助] 晶体加氢

求各位高手帮忙给这两个数据加下氢哦，由于本人水平有限，氢原子总是加不成功，请各位解晶高手能够帮帮忙，最好能帮我把这两个数据精修到没有A类错误哦，谢谢！
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  • 附件 1 : 加氢数据.zip
    • 2012-10-16 19:47:11, 5.15 M

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1楼 2012-10-16 19:48:12
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hawkklins

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Alyssa215: 金币+5, ★有帮助, 能不能麻烦你帮我加下哦，我在加氢这方面实在是不行，由于我论文马上就要交了，很着急了，请你帮帮忙哦，谢谢啦！ 2012-10-17 08:44:07
linhua0402313: 金币+1, 恩，感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-10-17 10:41:07
全是水啊。。。
加起来就非常麻烦。
思路是，将你要加氢的氧原子按合理的氢键构型和旁边的原子连起来。命令是：link O? O??
给这个氧原子留下两个空位，再执行加氢命令 hadd O? 2
这样就加上了两个氢原子。
其他的氧原子也这么做。注意在xl之前，先编辑ins文件中你刚才加上的氢的类型。把afix 23改成afix 3就行。
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2楼2012-10-16 21:40:40
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hawkklins

铜虫 (正式写手)
★
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-10-17 10:41:17
这个，不是我不想帮你，是做起来有风险。
你这一串水太多，其构型不容易确定，如果加错了，造成的后果是严重的。
以前我们组有研究过这种水链的东西，也是到最后加氢的时候头痛了很久。最后通过计算化学那边的辅助，确定了构型，加氢。
这是一个谨慎的活儿，我一菜鸟不敢乱整。
方法上可以帮你，但真不能越俎代庖。
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3楼2012-10-17 09:54:36
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Alyssa215: 金币+5, 是啊，我都试过很久了，总是加的不成功，我也是没办法了，现在论文需要数据，头都大了。有晶体高手的话希望能帮帮我哦。 2012-10-17 10:14:36
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-10-17 10:41:27
理论加氢这里没啥意义，费劲的原因是数据是钼靶收的，有些氢看不到猜在那里。
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▄︻┻┳═一................................................
4楼2012-10-17 10:10:57
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Alyssa215

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hawkklins at 2012-10-17 09:54:36
这个，不是我不想帮你，是做起来有风险。
你这一串水太多，其构型不容易确定，如果加错了，造成的后果是严重的。
以前我们组有研究过这种水链的东西，也是到最后加氢的时候头痛了很久。最后通过计算化学那边的辅助 ...

你刚说的那个方法我也试了下，命令是错的吧，在SHXLEX里边提示的是错误的命令哦。
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5楼2012-10-17 10:12:37
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hawkklins

铜虫 (正式写手)
★
lijunjie84: 金币+1, 感谢应助！ 2012-10-17 17:32:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by Alyssa215 at 2012-10-17 10:12:37
你刚说的那个方法我也试了下，命令是错的吧，在SHXLEX里边提示的是错误的命令哦。...

在xp里面操作哈。
比如我要对水分子O1进行加氢。如果直接用hadd O1是不行的。要先按合理的氢键构型将O1的加氢位置做一定的限定。比如和旁边的O2和O3先连起来。命令式link O1 O2和link O1 O3。
这时候O1就只剩下两个位置可以加氢了，再来hadd O1 2，加成二级碳上的氢。
再看看是不是就加好了。记得undo O1 O3和undo O1 O2。
保存，退出xp。edit 123.ins。
找到刚才给O1加上的两个氢。它们的前面有afix命令。应该是afix 23。把这个afix 23改成afix 3。这样再xl就不会出错了。
试试吧。
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6楼2012-10-17 16:43:26
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Alyssa215

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hawkklins at 2012-10-17 16:43:26
在xp里面操作哈。
比如我要对水分子O1进行加氢。如果直接用hadd O1是不行的。要先按合理的氢键构型将O1的加氢位置做一定的限定。比如和旁边的O2和O3先连起来。命令式link O1 O2和link O1 O3。
这时候O1就只剩下两 ...

刚试了一下，是个好方法哦，谢谢啦！
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7楼2012-10-17 19:12:04
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1234liang

木虫 (正式写手)
这个我也想知道！呵呵
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我的课题，我做得了主吗？
8楼2012-10-18 09:27:05
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湖心藏月

银虫 (小有名气)
лл5?
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binge
9楼2012-10-20 16:43:47
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