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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

[求助] gaussian 高性能计算问题

小弟准备用DFT计算一化合物,可能会用到多节点集群机,计算机会可能只有一次,我们要做优化结构、光谱、NMR还有IRC之类的,请问如何设置GJF文件好呢?
还有 %mem=?    %NProcShared=?   %LindaWorkers=?如何设置好??

集群机配置如下:
XC多节点集群机参数
个数:1主节点+8计算节点
型号:宝德2300+宝德2700D
CPU个数:66核 运算速度 1.6GHz
CPU型号:Intel  clovertown 四核处理器
内存:31G
硬盘:1.4T
OS:rocks 4.2
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 铁甲威虫 at 2012-10-17 13:12:06
它的那个一个主节点是什么意思呢?如果只用一个计算节点那不是好浪费?...

集群的主节点作为服务节点,一般不用于计算,多个计算节点可以同时做多个计算,不会浪费的。一个计算用多个节点可以加快计算,但Gaussian的平行计算方式使其的平行计算效率不高,不是节点越多一定越好。用8个核(一般双CPU服务器,就是1个节点)就可以了,内存尽可能大。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
10楼2012-10-17 13:32:23
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普通回帖

zhongshidaxt

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个应该是分阶段来做吧,IRC肯定是在优化、反应之后了。。。
不求最好,只求更好~
2楼2012-10-17 08:58:20
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhongshidaxt at 2012-10-17 08:58:20
这个应该是分阶段来做吧,IRC肯定是在优化、反应之后了。。。

那%mem=?    %NProcShared=?   %LindaWorkers=?如何设置好呢?shuaishuai:
3楼2012-10-17 12:05:44
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这个计算用1个节点就可以了,跨节点计算效率不高。具体怎么用多个节点,要看集群如何配的,有没有任务提交软件
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
4楼2012-10-17 12:23:09
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:23:09
你这个计算用1个节点就可以了,跨节点计算效率不高。具体怎么用多个节点,要看集群如何配的,有没有任务提交软件

那用多少内存和多少CPU呢??
5楼2012-10-17 12:31:40
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:23:09
你这个计算用1个节点就可以了,跨节点计算效率不高。具体怎么用多个节点,要看集群如何配的,有没有任务提交软件

那个是华工的集群
6楼2012-10-17 12:32:15
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
铁甲威虫: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-10-17 13:08:57
假如只用1个节点,内存不超过一个节点总内存的90%,核数%NProcs就是1个节点的核总数
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
7楼2012-10-17 12:48:25
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:48:25
假如只用1个节点,内存不超过一个节点总内存的90%,核数%NProcs就是1个节点的核总数

感谢,感谢大神,想请教一个弱弱的问题,NMR要在优化之后吗??
8楼2012-10-17 13:08:44
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:48:25
假如只用1个节点,内存不超过一个节点总内存的90%,核数%NProcs就是1个节点的核总数

它的那个一个主节点是什么意思呢?如果只用一个计算节点那不是好浪费?
9楼2012-10-17 13:12:06
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