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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian 高性能计算问题
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)

[求助] gaussian 高性能计算问题

小弟准备用DFT计算一化合物，可能会用到多节点集群机，计算机会可能只有一次，我们要做优化结构、光谱、NMR还有IRC之类的，请问如何设置GJF文件好呢？
还有 %mem=？    %NProcShared=？   %LindaWorkers=？如何设置好？？

集群机配置如下：
XC多节点集群机参数
个数：1主节点+8计算节点
型号：宝德2300+宝德2700D
CPU个数：66核 运算速度 1.6GHz
CPU型号：Intel  clovertown 四核处理器
内存：31G
硬盘：1.4T
OS：rocks 4.2
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1楼 2012-10-16 18:51:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 铁甲威虫 at 2012-10-17 13:12:06
它的那个一个主节点是什么意思呢？如果只用一个计算节点那不是好浪费？...

集群的主节点作为服务节点，一般不用于计算，多个计算节点可以同时做多个计算，不会浪费的。一个计算用多个节点可以加快计算，但Gaussian的平行计算方式使其的平行计算效率不高，不是节点越多一定越好。用8个核（一般双CPU服务器，就是1个节点）就可以了，内存尽可能大。
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铁甲威虫
一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
10楼2012-10-17 13:32:23
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zhongshidaxt

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个应该是分阶段来做吧，IRC肯定是在优化、反应之后了。。。
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不求最好，只求更好~
2楼2012-10-17 08:58:20
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhongshidaxt at 2012-10-17 08:58:20
这个应该是分阶段来做吧，IRC肯定是在优化、反应之后了。。。

那%mem=？    %NProcShared=？   %LindaWorkers=？如何设置好呢？shuaishuai:
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3楼2012-10-17 12:05:44
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这个计算用1个节点就可以了，跨节点计算效率不高。具体怎么用多个节点，要看集群如何配的，有没有任务提交软件
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
4楼2012-10-17 12:23:09
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:23:09
你这个计算用1个节点就可以了，跨节点计算效率不高。具体怎么用多个节点，要看集群如何配的，有没有任务提交软件

那用多少内存和多少CPU呢？？
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5楼2012-10-17 12:31:40
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:23:09
你这个计算用1个节点就可以了，跨节点计算效率不高。具体怎么用多个节点，要看集群如何配的，有没有任务提交软件

那个是华工的集群
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6楼2012-10-17 12:32:15
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gongxd325

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
铁甲威虫: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-10-17 13:08:57
假如只用1个节点，内存不超过一个节点总内存的90%，核数%NProcs就是1个节点的核总数
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一个人做点好事并不难难的是一辈子做好事!!!
7楼2012-10-17 12:48:25
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:48:25
假如只用1个节点，内存不超过一个节点总内存的90%，核数%NProcs就是1个节点的核总数

感谢，感谢大神，想请教一个弱弱的问题，NMR要在优化之后吗？？
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8楼2012-10-17 13:08:44
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铁甲威虫

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gongxd325 at 2012-10-17 12:48:25
假如只用1个节点，内存不超过一个节点总内存的90%，核数%NProcs就是1个节点的核总数

它的那个一个主节点是什么意思呢？如果只用一个计算节点那不是好浪费？
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9楼2012-10-17 13:12:06
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