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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 大家帮看看我做这个系统发育树是否可用，做法是否正确，谢谢了~~
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cong-cong

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by chucuiwei at 2012-10-17 22:58:45
你选的菌株好像有点少！可以参考相似性最近的菌所发的文章里的进化树。并且你那些菌的名称不准确，应该直接选用EZTAXONli的名字，直接拷贝就行。

谢谢你~你说的是这个网页吧http://ezgenome.ezbiocloud.net/，我进去了，但模式菌株的相似度最大也就95%这样，而且为什么根据模式菌株的NCBI登录号，得不到16s rDNA的序列呢？单单用NCBI比对的都能找得到。。。
图1是我在模式菌种的部分搜索结果，第一个NCBI的登录号是PRJNA54613，在NCBI PLAST后，得的结果如图2。。。图3是模式菌种比对结果中第一个的详细资料，请大家指点，我是不是哪里弄错了了~

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11楼2012-10-18 16:19:18
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cong-cong

铁虫 (初入文坛)
上面的图太小，看不清楚，我再传一下图3~

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12楼2012-10-18 16:27:02
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yc652090251

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by cong-cong at 2012-10-18 16:19:18
谢谢你~你说的是这个网页吧http://ezgenome.ezbiocloud.net/，我进去了，但模式菌株的相似度最大也就95%这样，而且为什么根据模式菌株的NCBI登录号，得不到16s rDNA的序列呢？单单用NCBI比对的都能找得到。。。:sh ...

你得用NCBI上面比对出来的那些菌种的典型菌株建树。查找文献，看是否发表过鉴定文章 ，通过文章确定最典型的菌株，然后找基因，最后建树。比较麻烦。
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低调做人好么~~
13楼2012-10-18 18:06:27
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cong-cong

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
13楼: Originally posted by yc652090251 at 2012-10-18 18:06:27
你得用NCBI上面比对出来的那些菌种的典型菌株建树。查找文献，看是否发表过鉴定文章 ，通过文章确定最典型的菌株，然后找基因，最后建树。比较麻烦。...

不是大家都推荐用韩国的那个网站吗？里面比对的都是模式菌株，网站就是这个http://ezgenome.ezbiocloud.net，在NCBI上比对的好多都是SP.结尾的。。。
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14楼2012-10-18 18:38:46
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yc652090251

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
cong-cong: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-10-19 18:01:49
引用回帖:
13楼: Originally posted by yc652090251 at 2012-10-18 18:06:27
你得用NCBI上面比对出来的那些菌种的典型菌株建树。查找文献，看是否发表过鉴定文章 ，通过文章确定最典型的菌株，然后找基因，最后建树。比较麻烦。...

http://www.bacterio.cict.fr/validationlists.html
输入属名查询，种名是按字母排序的，里面有登录号，还有相关文献，点进去就是16s。但有些新鉴定的种的可能没有。
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cong-cong
低调做人好么~~
15楼2012-10-19 09:40:40
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cong-cong

铁虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by yc652090251 at 2012-10-19 09:40:40
http://www.bacterio.cict.fr/validationlists.html
输入属名查询，种名是按字母排序的，里面有登录号，还有相关文献，点进去就是16s。但有些新鉴定的种的可能没有。...

谢谢啊~~灰常感谢~~
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16楼2012-10-19 18:00:42
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cong-cong

铁虫 (初入文坛)
其实在EzBioCloud的数据库里，可以直接链接到模式菌种的16s rDNA,点击PLAST后出来的结果中，点击EzGenome Name 下的菌株名字，即可很容易找到16s rDNA~~小白在这里谢谢大家的帮忙了
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17楼2012-10-19 18:44:52
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