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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教高斯09算溶剂效应及能量校正问题，多送金币+小红花
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sesy

木虫 (小有名气)

[求助] 请教高斯09算溶剂效应及能量校正问题，多送金币+小红花

我们这级新接触Gaussion09,看小木虫中有很多帖子说09和03做能量校正得到的输出结果不一样，所以请教高手看看我用09算的方法对不对，尤其是输入文件写的有问题吗？我先优化完结构然后做单点能和溶剂效应，输入文件如下，请之前用过09的虫友们多多指点。多送金币+小红花 希望大家多多关注，急求解答！！！

一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，
输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示)

二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight
输出结果选用的 SCF Done:  E(RB3LYP) =  -1246.14645414（用B表示）

三、最后考虑到溶剂效应：
输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(PCM,solvent=benzene,read,smd,Dovacuum,ExternalIteration)
。
。
。
Radii=uaks （最后）

输出结果选用的 DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40 （用C表示）

最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+单点能（B）+溶剂化能（C）

请大家看看我这样做对不对，还有不对的话应该怎样写输入文件？多谢大家。。。
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sesy luyating2005 lin111ok

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Fighting！！！
1楼 2012-10-11 09:41:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sesy: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢 2012-10-12 16:44:52
一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，
输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示)

二、输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks （最后）

输出结果选用的 DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40 （用C表示）

最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+(C）
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sesy
12楼2012-10-12 07:50:36
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luyating2005

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 07:50:36
一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，
输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示) ...

你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加 pcm ， ExternalIteration 关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09 不太明白，望见谅啊
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14楼2012-10-12 16:18:12
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普通回帖

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sesy: 金币+1, ★有帮助 2012-10-11 14:29:14
楼主确定能打印DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40？，我尝试过几次，用G03可以的，g09不能直接打印
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2楼2012-10-11 12:00:09
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sesy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 12:00:09
楼主确定能打印DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40？，我尝试过几次，用G03可以的，g09不能直接打印

是的，不知阁下用不用09？看看我的关键词和计算公式对吗？我就是按照这个关键词这样做的，我没用过03，我优化用的09，所以能量必须也得用09 ，不知这样校正对不对？谢谢
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Fighting！！！
3楼2012-10-11 14:31:55
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sesy

木虫 (小有名气)
有木有研究09的大师们？？？ 赶紧来帮帮忙吧。。。。只是帮偶看一下这样做对不对？我有将近100个结构，已经算了一半了。。。急求解答 金币全送您、、、
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Fighting！！！
4楼2012-10-11 14:41:21
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sesy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-10-11 12:00:09
楼主确定能打印DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40？，我尝试过几次，用G03可以的，g09不能直接打印

是的，以上全是拷字我的gjf文件和out文件，还有有很多内容
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Fighting！！！
5楼2012-10-11 14:49:10
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sesy

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
加油、、、
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Fighting！！！
6楼2012-10-11 18:00:34
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goodmood660

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sesy: 金币+10, ★★★很有帮助, O(∩_∩)O谢谢 2012-10-11 19:52:36
第二步 二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight
输出结果选用的 SCF Done:  E(RB3LYP) =  -1246.14645414（用B表示）
是没有必要算的，只算一三步就行。
最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+溶剂化下的单点能
溶剂化下的单点能是g09溶剂化输出结果中的SCF Done:  E(UB3LYP) = 这一项的能量
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7楼2012-10-11 18:35:42
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luyating2005

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
期待看到更多关于该问题的探讨，大家加油啊
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8楼2012-10-11 19:47:45
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sesy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by goodmood660 at 2012-10-11 18:35:42
第二步 二、再用大基组计算单点能：# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight
输出结果选用的 SCF Done:  E(RB3LYP) =  -1246.14645414（用B表示）
是没有必要算的，只算一三步就行。
最后自由能表示：自由能=自由能校 ...

阁下看看我们计算g09溶剂化下的单点能的输入文件对不对啊？我看了一下，第三步out文件里有好几个SCF Done:  E(RB3LYP) = 这一项的能量都不一样啊。。。
请问阁下做的溶剂化下的单点能的输入文件是什么？
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Fighting！！！
9楼2012-10-11 20:02:33
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lin111ok

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
我也遇到了类似的问题，
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10楼2012-10-11 20:33:59
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