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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教高斯09算溶剂效应及能量校正问题，多送金币+小红花
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 14:31:55
是的，不知阁下用不用09？看看我的关键词和计算公式对吗？我就是按照这个关键词这样做的，我没用过03，我优化用的09，所以能量必须也得用09 ，不知这样校正对不对？谢谢...

直接做出来的应该是smd的能量需要加上ExternalIteration部分打印的文件静电能这样得到就是DELg
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11楼2012-10-11 21:25:49
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幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sesy: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢 2012-10-12 16:44:52
一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，
输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示)

二、输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks （最后）

输出结果选用的 DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40 （用C表示）

最后自由能表示：自由能=自由能校正（A）+(C）
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sesy
12楼2012-10-12 07:50:36
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sesy: 金币+5, ★有帮助 2012-10-14 15:27:55
溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done:  E(UB3LYP) = **********。 另外基组要改善
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快乐吧
13楼2012-10-12 08:36:43
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luyating2005

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 07:50:36
一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，
输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示) ...

你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加 pcm ， ExternalIteration 关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09 不太明白，望见谅啊
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14楼2012-10-12 16:18:12
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sesy

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 07:50:36
一、使用G09程序包，先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析，
输入文件关键词 ：# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示) ...

你好 ，输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks
按照你的输入文件计算了一下，没有这一项 DeltaG (solv) (kcal/mol) =
只有SCF Done:  E(UB3LYP) = 这一项的能量，输出结果中的是不是应该取这一项啊
自由能=自由能校正（A）+SCF Done:  E(UB3LYP) 对不对啊？
麻烦了。。。最近写文章比较着急。。。
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Fighting！！！
15楼2012-10-12 16:42:46
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幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by sesy at 2012-10-12 16:42:46
你好 ，输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)
。
。
。
Radii=uaks
按照你的输入文件计算了一下，没有这一项 DeltaG (solv) (kcal/mol) =
只有SCF Done:  E( ...

自由能=自由能校正（A）+SCF Done:  E(UB3LYP)
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16楼2012-10-14 07:06:33
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幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by luyating2005 at 2012-10-12 16:18:12
你好，我还是有一些问题不明白，看到一些小木虫上的关于该问题的讨论，scrf项目里还需要加 pcm ， ExternalIteration 关键词，我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么？刚开始用高斯09 不太明白，望见谅啊...

pcm和smd是两个不同模型
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luyating2005
17楼2012-10-14 07:10:13
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luyating2005

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 07:10:13
pcm和smd是两个不同模型...

谢谢你的回复，这也就是说这两个关键词不应该同时使用对不对？
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18楼2012-10-14 08:39:14
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sesy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2012-10-12 08:36:43
溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done:  E(UB3LYP) = **********。 另外基组要改善

你好 能给我写下你们计算溶剂化下的单点能的输入文件吗？多谢 最近写文章、本组新接触09没有指点的。郁闷ing
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Fighting！！！
19楼2012-10-14 15:29:22
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sesy

木虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 07:10:13
pcm和smd是两个不同模型...

我也对此有些疑问、、、阁下是不是用这种方法计算过？那我们这次的溶剂效应是不是就是smd模型啊？为什么我按照这些关键词算出来的，默认的模型显示的是：PCM
确认清楚才放心投出文章去嘻嘻、还请赐教，耐心等待中。。。
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Fighting！！！
20楼2012-10-14 15:36:36
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