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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sesy at 2012-10-11 14:31:55
是的,不知阁下用不用09?看看我的关键词和计算公式对吗?我就是按照这个关键词这样做的,我没用过03,我优化用的09,所以能量必须也得用09 ,不知这样校正对不对?谢谢...

直接做出来的应该是smd的能量需要加上ExternalIteration部分打印的文件静电能这样得到就是DELg
11楼2012-10-11 21:25:49
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幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sesy: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢 2012-10-12 16:44:52
一、使用G09程序包,先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析,
输入文件关键词 :# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示)

二、输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)



Radii=uaks (最后)

输出结果选用的 DeltaG (solv)    (kcal/mol) =     -38.40 (用C表示)

最后自由能表示:自由能=自由能校正(A)+(C)

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12楼2012-10-12 07:50:36
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sesy: 金币+5, 有帮助 2012-10-14 15:27:55
溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done:  E(UB3LYP) = **********。 另外基组要改善
快乐吧
13楼2012-10-12 08:36:43
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luyating2005

金虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 07:50:36
一、使用G09程序包,先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析,
输入文件关键词 :# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示) ...

你好,我还是有一些问题不明白,看到一些小木虫上的关于该问题的讨论,scrf项目里还需要加 pcm , ExternalIteration 关键词,我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么?刚开始用高斯09 不太明白,望见谅啊
14楼2012-10-12 16:18:12
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sesy

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-12 07:50:36
一、使用G09程序包,先用小基组b3lyp/6-31g(d)对构型进行优化和频率分析,
输入文件关键词 :# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
输出结果选用的 Thermal correction to Gibbs Free Energy=  (用A表示) ...

你好 ,输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)



Radii=uaks
按照你的输入文件计算了一下,没有这一项 DeltaG (solv) (kcal/mol) =
只有SCF Done:  E(UB3LYP) = 这一项的能量,输出结果中的是不是应该取这一项啊
自由能=自由能校正(A)+SCF Done:  E(UB3LYP) 对不对啊?
麻烦了。。。最近写文章比较着急。。。
Fighting!!!
15楼2012-10-12 16:42:46
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幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
15楼: Originally posted by sesy at 2012-10-12 16:42:46
你好 ,输入文件# b3lyp/6-311++g(d,p) scf=tight scrf=(solvent=benzene,read,smd,Dovacuum)



Radii=uaks
按照你的输入文件计算了一下,没有这一项 DeltaG (solv) (kcal/mol) =
只有SCF Done:  E( ...

自由能=自由能校正(A)+SCF Done:  E(UB3LYP)
16楼2012-10-14 07:06:33
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幸福男人

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
14楼: Originally posted by luyating2005 at 2012-10-12 16:18:12
你好,我还是有一些问题不明白,看到一些小木虫上的关于该问题的讨论,scrf项目里还需要加 pcm , ExternalIteration 关键词,我们这个地方不需要再加入这两个关键词了么?刚开始用高斯09 不太明白,望见谅啊...

pcm和smd是两个不同模型

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17楼2012-10-14 07:10:13
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luyating2005

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
17楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 07:10:13
pcm和smd是两个不同模型...

谢谢你的回复,这也就是说这两个关键词不应该同时使用对不对?
18楼2012-10-14 08:39:14
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sesy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2012-10-12 08:36:43
溶剂化下的单点能就是输出结果中的SCF Done:  E(UB3LYP) = **********。 另外基组要改善

你好 能给我写下你们计算溶剂化下的单点能的输入文件吗?多谢 最近写文章、本组新接触09没有指点的。郁闷ing
Fighting!!!
19楼2012-10-14 15:29:22
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sesy

木虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by 幸福男人 at 2012-10-14 07:10:13
pcm和smd是两个不同模型...

我也对此有些疑问、、、阁下是不是用这种方法计算过?那我们这次的溶剂效应是不是就是smd模型啊?为什么我按照这些关键词算出来的,默认的模型显示的是:PCM
确认清楚才放心投出文章去嘻嘻、还请赐教,耐心等待中。。。
Fighting!!!
20楼2012-10-14 15:36:36
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