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蛋白结构可靠性分析的问题
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我用DS中用profile-3D程序和拉曼图分析蛋白结构的可靠性， 我想知道这个蛋白结构可靠的标准是什么 是多少个氨基酸残基机构合理吗 多个模型比较，如何评价那个模型更可靠呢？ 谢谢。。 [ Last edited by asd724210 on 2012-10-9 at 10:54 ] |
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2楼2012-10-09 16:07:04
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jiaoyixiong: 金币+3, 赞，真细心 2012-10-10 08:23:11
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Prosa2003 Verify3D WHAT_CHECK Packing Procheck ProQresLG ProQres MaxSub 一些参考文献： Bowie, J.U., R. Luthy, and D. Eisenberg, A method to identify protein sequences that fold into a known three-dimensional structure. Science, 1991. 253(5016): p. 164-70. Hooft, R.W., et al., Errors in protein structures. Nature, 1996. 381(6580): p. 272. Laskowski, R.A., et al., PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures. Journal of Applied Crystallography, 1993. 26(2): p. 283-291. Kim, D.E., D. Chivian, and D. Baker, Protein structure prediction and analysis using the Robetta server. Nucleic Acids Research, 2004. 32(suppl 2): p. W526-W531. Moult, J., et al., A large-scale experiment to assess protein structure prediction methods. Proteins, 1995. 23(3): p. ii-v. Larsson, P., et al., Using multiple templates to improve quality of homology models in automated homology modeling. Protein Sci, 2008. 17(6): p. 990-1002. Zhang, Y., I-TASSER server for protein 3D structure prediction. BMC Bioinformatics, 2008. 9: p. 40. http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/. |
3楼2012-10-09 17:38:48