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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 蛋白结构可靠性分析的问题
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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白结构可靠性分析的问题

我用DS中用profile-3D程序和拉曼图分析蛋白结构的可靠性，
我想知道这个蛋白结构可靠的标准是什么
是多少个氨基酸残基机构合理吗
多个模型比较，如何评价那个模型更可靠呢？
谢谢。。

[ Last edited by asd724210 on 2012-10-9 at 10:54 ]
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1楼 2012-10-09 10:40:17
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yalefield

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老汉一枚

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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-10 08:22:50
蛋白质三维结构相似性比较方法综述
彭群生  胡敏
浙江大学 CAD & CG国家重点实验室
计算机辅助设计与图形学学报
2006.  18(10):1465-1471
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2楼2012-10-09 16:07:04
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

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jiaoyixiong: 金币+3, 赞，真细心 2012-10-10 08:23:11
Prosa2003
Verify3D
WHAT_CHECK Packing
Procheck
ProQresLG
ProQres MaxSub

一些参考文献：
Bowie, J.U., R. Luthy, and D. Eisenberg, A method to identify protein sequences that fold into a known three-dimensional structure. Science, 1991. 253(5016): p. 164-70.

Hooft, R.W., et al., Errors in protein structures. Nature, 1996. 381(6580): p. 272.

Laskowski, R.A., et al., PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures. Journal of Applied Crystallography, 1993. 26(2): p. 283-291.

Kim, D.E., D. Chivian, and D. Baker, Protein structure prediction and analysis using the Robetta server. Nucleic Acids Research, 2004. 32(suppl 2): p. W526-W531.

Moult, J., et al., A large-scale experiment to assess protein structure prediction methods. Proteins, 1995. 23(3): p. ii-v.

Larsson, P., et al., Using multiple templates to improve quality of homology models in automated homology modeling. Protein Sci, 2008. 17(6): p. 990-1002.

Zhang, Y.,  I-TASSER server for protein 3D structure prediction. BMC Bioinformatics, 2008. 9: p. 40.
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/.
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3楼2012-10-09 17:38:48
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