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seq.cn

铜虫 (初入文坛)

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[交流] 文库构建质控已有1人参与

从信息分析角度，来检测文库构建，或者样品的好坏也是有一些方法的，这里只以转录组为例（BY seq.cn）：
1. 比回reference的比率。
如果原始样品有其他物种样品污染，则比回率会低于正常水平（~80%）。如果有污染，需要重新准备样品。
2. insert size大小分布
如果切胶正常，insert size和预期的分布应该一致，如果不一致，则可能是切胶不均匀导致。如果insert size过短，会造成PE测序大部分都overlap，虽然数据还可以继续使用，但是造成很多浪费。
3. reads测序质量分布
每个位点的质量分布，这个是测序的影响。如果质量过低，需要重测。
4. 用来计算表达量的reads总数。
对于mRNA测序，如果有小RNA的污染，则测序的很多reads是没有对表达量有贡献的，和其他样品相比，这个数字会偏低，这也可以用来判断是否有非mRNA的污染。
5. 其他质控方法
大家补充啊。

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