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文库构建质控 已有1人参与
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从信息分析角度，来检测文库构建，或者样品的好坏也是有一些方法的，这里只以转录组为例（BY seq.cn）： 1. 比回reference的比率。 如果原始样品有其他物种样品污染，则比回率会低于正常水平（~80%）。如果有污染，需要重新准备样品。 2. insert size大小分布 如果切胶正常，insert size和预期的分布应该一致，如果不一致，则可能是切胶不均匀导致。如果insert size过短，会造成PE测序大部分都overlap，虽然数据还可以继续使用，但是造成很多浪费。 3. reads测序质量分布 每个位点的质量分布，这个是测序的影响。如果质量过低，需要重测。 4. 用来计算表达量的reads总数。 对于mRNA测序，如果有小RNA的污染，则测序的很多reads是没有对表达量有贡献的，和其他样品相比，这个数字会偏低，这也可以用来判断是否有非mRNA的污染。 5. 其他质控方法 大家补充啊。 |
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2楼2012-10-22 17:13:33