| 查看: 788 | 回复: 1 | |||
[交流]
文库构建质控 已有1人参与
|
|
从信息分析角度，来检测文库构建，或者样品的好坏也是有一些方法的，这里只以转录组为例（BY seq.cn）： 1. 比回reference的比率。 如果原始样品有其他物种样品污染，则比回率会低于正常水平（~80%）。如果有污染，需要重新准备样品。 2. insert size大小分布 如果切胶正常，insert size和预期的分布应该一致，如果不一致，则可能是切胶不均匀导致。如果insert size过短，会造成PE测序大部分都overlap，虽然数据还可以继续使用，但是造成很多浪费。 3. reads测序质量分布 每个位点的质量分布，这个是测序的影响。如果质量过低，需要重测。 4. 用来计算表达量的reads总数。 对于mRNA测序，如果有小RNA的污染，则测序的很多reads是没有对表达量有贡献的，和其他样品相比，这个数字会偏低，这也可以用来判断是否有非mRNA的污染。 5. 其他质控方法 大家补充啊。 |
回复此楼» 猜你喜欢
含氟糖皮质激素的外用抗炎利器醋酸氟轻松
已经有0人回复
-
阿莫奈韦（Amenamevir）：解旋酶-引物酶靶向分子的结构特征与合成路径全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有131人回复
-
利瑞鲁单抗：靶向KIR的NK细胞检查点工具抗体，结构基础与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 基因组文库构建时DNA酶切片段用胶回收吗？
已经有7人回复
- 【资料】宏基因组Fosmid 文库构建
已经有84人回复
- 求助：基因组文库构建时一般用什么Marker？
已经有12人回复
- 【求助/交流】构建差减文库起始用总RNA还是mRNA好
已经有5人回复
- 【求助/交流】谁用SMART的cDNA文库构建试剂盒？？？
已经有6人回复
- 【求助/交流】有构建植物BAC文库的同学？一起交流吧
已经有17人回复
- 欲构建拟南芥叶片cDNA文库，请问用哪种方法提取总RNA的效果比较好？
已经有7人回复
2楼2012-10-22 17:13:33
