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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 文献中的疑问：做过PSSM的请进
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321wangke321

金虫 (正式写手)

[求助] 文献中的疑问：做过PSSM的请进

以拟南芥ERF蛋白的保守域氨基酸搜索genebank和swissport数据库，下载E值<10-10的所有序列。根据这些不同物种的ERF序列构建ERF结构域的位置特异得分矩阵（PSSM），通过PSI-TBLASTN，以ERF的PSSM搜索整个葡萄的EST库（摘自文献中一段话）。
问题1：如何获得不同物种序列的PSSM？
问题2：得到PSSM之后应该用什么算法搜索EST库？PSI-TBLASTN现在好像没有了
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王者风范，一切皆有可能。
1楼 2012-10-03 11:09:34
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Seck.CH

木虫 (小有名气)
PSI-BLAST本地化安装，定义比对数据库，然后按照特定格式可以输出PSSM，得到PSSM之后导入下一步比对。
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海滩，向往。
2楼2013-08-02 15:47:56
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