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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物分析 » 请教一个代谢组学SCI修回的问题~高手请进
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shuizhao

木虫 (著名写手)

[求助] 请教一个代谢组学SCI修回的问题~高手请进

最近有一篇文章修回，但是有一个问题思考很久实在想不出来是什么意思，麻烦大家看下哈~
问题是：Page 9, first paragraph and figures 3 and 4: The authors do not give clear information whether the groups SND（这个是治疗组） vs. hypothyroid group（这个是模型组） or vs. control group are statistically different.
第9页的第一段我写的就是关于代谢组学中正常组和模型组建立PLS-DA模型得分图，载荷图和S-plot的过程，图3和图4分别为在正离子和负离子模式下，正常组和模型组之间的得分图，载荷图和S-plot。我就不明白这个reviewer说的“statistically different"是什么意思了？是指PLS-DA的得分图还能算出是否有统计学差异吗？才疏学浅望大家多多指教哈！
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加油！奋起的小猪~~
1楼2012-10-02 19:55:59
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fangang1111

木虫 (著名写手)
利用PCA或PLS-DA等多变量统计方法，能够从大量多维数据中寻找出贡献于分类的主要差异成分。然而，采用载荷图发现组间差异代谢物是较宏观的方法，并不能判断观察到的差异是否具有统计学意义（显著性）。因此，有必要采用其他方法进一步验证化学计量学研究结果，并确证差异的显著性。
   我在前期投稿的过程中也遇到你类似的情况，审稿人给的是大修，也提出了相似的问题，最后我采用了两种方法来验证我的化学计量学结果：
        （1）对发现的marker进行手动积分，然后做组间方差分析，观察载荷图上得出的marker在组间的差异是否有统计学意义。当然，我用的是NMR，和你的不一样，你用的是MS吧，那你可以直接用载荷图发现的marker的峰面积为数据做组间方差分析。
        （2）采用HPLC方法对发现的marker进行含量测定，然后再做组间方差分析。
       最终我大修后，直接接受。
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9楼2012-10-06 21:21:04
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yqx1985

木虫 (著名写手)

云中仙
信息不多，我倒是觉得审稿人的意思是，你没有给出治疗组，模型组和对照组的之间的统计学差别。因为，你再怎么数据分析，前提是，你的确建立了有差别的治疗组，模型组和对照组。如果这三个模型本身就没差别，后面的数据分析就毫无意义了。
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人面不知何时去，桃花依旧笑春风
21楼2013-08-26 16:13:16
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yangming98

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
leecius: 金币+1, 谢谢参与！ 2012-10-03 07:47:16
注意PLS-DA根本不存在统计学意义上的p值，它的实质是一个分类模型。从审稿人的意见看，你的模型可能并没有好的分类效果，评价PLSDA模型的指标其实有许多，除了样本投影图能肉眼识别分类效果外，主要还是由交叉验证得到的Q2Y及R2Y，这两个指标，另外还有ROC曲线下面积等。楼主只凭样本投影图来评估模型的分类性能是不够的。
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4楼2012-10-03 07:22:53
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普通回帖

独步青云

新虫 (职业作家)

术中小生

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
leecius: 金币+1, 谢谢参与！ 2012-10-03 07:47:08
shuizhao: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢，但是好像还是不知道这个问题如何回答呢。。。 2012-10-04 10:09:47
就是指统计学意义上的不同。一般是指p<0.05。
用PLS-DA模型时，里面默认的就是这个限制，如果在得分图里能够完全区分开，就表明有显著性差异。
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2楼2012-10-02 22:31:49
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shuizhao

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 独步青云 at 2012-10-02 22:31:49
就是指统计学意义上的不同。一般是指p<0.05。
用PLS-DA模型时，里面默认的就是这个限制，如果在得分图里能够完全区分开，就表明有显著性差异。

我的得分图显示的很清楚已经分得很开了呢，但是这个reviewer还说说没有give clear information,我觉得是不是这个PLS-DA模型会有一个p值还是什么的呢？请问你知道吗？
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加油！奋起的小猪~~
3楼2012-10-02 22:57:33
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shuizhao

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yangming98 at 2012-10-03 07:22:53
注意PLS-DA根本不存在统计学意义上的p值，它的实质是一个分类模型。从审稿人的意见看，你的模型可能并没有好的分类效果，评价PLSDA模型的指标其实有许多，除了样本投影图能肉眼识别分类效果外，主要还是由交叉验证得 ...

你好！谢谢你的解答哈，但是我在原文中已经对我的PLS-DA进行了cross-validation,并且也已经在Table中列出了Q2Y和R2Y了，我在附件里面上传了我的fig3(正离子模式下的得分图，loading plot和S-plot)，麻烦你能帮我看看吗？我觉得已经相对来说，正常组和模型组已经分得比较开了。所以这样我就不知道reviewer说的“statistically different"是什么意思了？请问你懂这个reviewer的意思吗？谢谢了哈~

Fig 3.png
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胖虎
加油！奋起的小猪~~
5楼2012-10-03 13:24:27
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yangming98

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shuizhao: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你，先给你10个金币哈~ 2012-10-04 10:08:59
请问楼主用的是什么软件？总样本量是多少，两组是如何分配的，还有就是R2X与Q2Y的值是多少？
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6楼2012-10-04 07:24:16
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shuizhao

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yangming98 at 2012-10-04 07:24:16
请问楼主用的是什么软件？总样本量是多少，两组是如何分配的，还有就是R2X与Q2Y的值是多少？

用的是Simca-p,Control是6个，模型也是6个。R2X是0.661，Q2Y是0.954
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加油！奋起的小猪~~
7楼2012-10-04 09:57:23
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yangming98

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
shuizhao: 金币+5, ★★★很有帮助, 好的，那谢谢你了哈 2012-10-05 21:13:31
引用回帖:
7楼: Originally posted by shuizhao at 2012-10-04 09:57:23
用的是Simca-p,Control是6个，模型也是6个。R2X是0.661，Q2Y是0.954...

照楼主的数据应该模型的分类性能是不错的，是能够给出较好的分类结果的，reviewer的意见也只是一种参考，不一定都正确的，楼主只要解释合理，应该没有问题，唯一不足的就是楼主的样本量太少了，呵呵。至于“The authors do not give clear information whether the groups SND（这个是治疗组） vs. hypothyroid group（这个是模型组） or vs. control group are statistically different.”很有可能这个reviewer错把B、C图看成是样本投影图了吧，实在是没有道理的，你的模型已经相当好了。
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8楼2012-10-05 07:26:07
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shuizhao

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fangang1111 at 2012-10-06 21:21:04
利用PCA或PLS-DA等多变量统计方法，能够从大量多维数据中寻找出贡献于分类的主要差异成分。然而，采用载荷图发现组间差异代谢物是较宏观的方法，并不能判断观察到的差异是否具有统计学意义（显著性）。因此，有必要 ...

谢谢你的解答哈，你说的第一种方法我在文章中已经做了，然后你说的第二种方法是要另外做实验，相当于是要建立定量的方法了，是吗？
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加油！奋起的小猪~~
10楼2012-10-07 21:15:42
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