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shuizhao木虫 (著名写手)
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请教一个代谢组学SCI修回的问题~高手请进
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最近有一篇文章修回，但是有一个问题思考很久实在想不出来是什么意思，麻烦大家看下哈~ 问题是：Page 9, first paragraph and figures 3 and 4: The authors do not give clear information whether the groups SND（这个是治疗组） vs. hypothyroid group（这个是模型组） or vs. control group are statistically different. 第9页的第一段我写的就是关于代谢组学中正常组和模型组建立PLS-DA模型得分图，载荷图和S-plot的过程，图3和图4分别为在正离子和负离子模式下，正常组和模型组之间的得分图，载荷图和S-plot。我就不明白这个reviewer说的“statistically different"是什么意思了？是指PLS-DA的得分图还能算出是否有统计学差异吗？才疏学浅望大家多多指教哈！ |
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利用PCA或PLS-DA等多变量统计方法，能够从大量多维数据中寻找出贡献于分类的主要差异成分。然而，采用载荷图发现组间差异代谢物是较宏观的方法，并不能判断观察到的差异是否具有统计学意义（显著性）。因此，有必要采用其他方法进一步验证化学计量学研究结果，并确证差异的显著性。 我在前期投稿的过程中也遇到你类似的情况，审稿人给的是大修，也提出了相似的问题，最后我采用了两种方法来验证我的化学计量学结果： （1）对发现的marker进行手动积分，然后做组间方差分析，观察载荷图上得出的marker在组间的差异是否有统计学意义。当然，我用的是NMR，和你的不一样，你用的是MS吧，那你可以直接用载荷图发现的marker的峰面积为数据做组间方差分析。 （2）采用HPLC方法对发现的marker进行含量测定，然后再做组间方差分析。 最终我大修后，直接接受。 |
9楼2012-10-06 21:21:04
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21楼2013-08-26 16:13:16
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【答案】应助回帖
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shuizhao: 金币+5, ★★★很有帮助, 好的，那谢谢你了哈 2012-10-05 21:13:31
shuizhao: 金币+5, ★★★很有帮助, 好的，那谢谢你了哈 2012-10-05 21:13:31
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照楼主的数据应该模型的分类性能是不错的，是能够给出较好的分类结果的，reviewer的意见也只是一种参考，不一定都正确的，楼主只要解释合理，应该没有问题，唯一不足的就是楼主的样本量太少了，呵呵。至于“The authors do not give clear information whether the groups SND（这个是治疗组） vs. hypothyroid group（这个是模型组） or vs. control group are statistically different.”很有可能这个reviewer错把B、C图看成是样本投影图了吧，实在是没有道理的，你的模型已经相当好了。 |
8楼2012-10-05 07:26:07
shuizhao
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