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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » QM/MM优化后的模型跑MD,可行性如何？
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zhouzhiguang

金虫 (小有名气)

[求助] QM/MM优化后的模型跑MD,可行性如何？

我用DS的minizaition（QM-MM)做了个优化的模型，想要跑一下MD。大家认为这样做有可行性吗？
谢谢
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1楼 2012-09-28 19:05:12
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lujunyan1118

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-09 22:44:15
zhouzhiguang: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-10-09 23:06:31
可以是可以，但是感觉意义不太大

虽然QM/MM可以得到稍微更合理一点的初始结构，再用MD模拟所采用的电荷等参数还是来自于分子立场，也就是并不会像QM/MM中高层的区那样电荷会随结构变化而变化。所以，我觉得结果应该差不多。

如果对初始结构要求很高的话，可以试试
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2楼2012-10-09 21:49:07
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