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用Amber对一个含三条链的体系进行MD后，用VMD取帧，发现三条链被连起来了。怎么回事？
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该体系含有三条链：A、B、K链（A、B链是一样的，为二聚体，各含144个氨基酸；K链为一个小肽，含39个氨基酸） 用Amber对这个体系进行2.7纳秒MD后，用VMD取帧，将得到的帧（PDB格式）在Chimara中打开后发现三条链子被连起来了，被连成了一条链。 随后，我用写字板把这个PDB文件打开，发现A、B、K链之间起间隔作用的"TER"消失了。大家遇到过这种情况吗？是不是进行MD之前的前处理工作我做错了？还是VMD取帧出现问题？ |
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mingzezhong
铁杆木虫 (著名写手)
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3楼2012-11-30 12:57:56
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2楼2012-09-27 16:28:37