| 查看: 635 | 回复: 2 | ||
[求助]
用Amber对一个含三条链的体系进行MD后，用VMD取帧，发现三条链被连起来了。怎么回事？
|
|
该体系含有三条链：A、B、K链（A、B链是一样的，为二聚体，各含144个氨基酸；K链为一个小肽，含39个氨基酸） 用Amber对这个体系进行2.7纳秒MD后，用VMD取帧，将得到的帧（PDB格式）在Chimara中打开后发现三条链子被连起来了，被连成了一条链。 随后，我用写字板把这个PDB文件打开，发现A、B、K链之间起间隔作用的"TER"消失了。大家遇到过这种情况吗？是不是进行MD之前的前处理工作我做错了？还是VMD取帧出现问题？ |
回复此楼» 猜你喜欢
这种情况还有戏吗
已经有11人回复
-
微信指数没变化，科研之友没阅读
已经有4人回复
-
同事接到电话了，我却没有
已经有4人回复
-
准备明年的基金了
已经有5人回复
-
今年的WR进展到哪一步了？
已经有6人回复
-
时间戳他又来了
已经有11人回复
-
小木虫看见有人已经知道结果了
已经有15人回复
-
这个自发加氧反应的机理是什么？
已经有6人回复
-
J-J-W不为人知的一面
已经有18人回复
-
没消息就是被刷了呗
已经有13人回复
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-28 09:42:38
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-28 09:42:38
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2012-09-27 16:28:37
mingzezhong
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6081.7
- 散金: 368
- 红花: 56
- 帖子: 1137
- 在线: 420.1小时
- 虫号: 1402577
- 注册: 2011-09-15
- 性别: GG
- 专业: 声学
3楼2012-11-30 12:57:56