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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求助：Castep优化乙苯在表面的吸附，乙苯变得很扭曲
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助：Castep优化乙苯在表面的吸附，乙苯变得很扭曲

用Castep优化乙苯在Fe表面的吸附时，乙苯苯环变得很扭曲，几乎不在同一个表面，怎么办，求高手相助

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BestWishes
1楼 2012-09-23 20:21:05
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cosfrist

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+1, 谢谢回帖交流 2012-09-24 15:31:57
fanhongxiang: 金币+15, ★有帮助 2012-09-29 09:03:45
可以限制X,Y方向，弛豫Z方向~
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力学出身搞过生物医学工程的研究计算材料学的医学影像系青椒一枚
2楼2012-09-23 20:22:15
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cosfrist at 2012-09-23 20:22:15
可以限制X,Y方向，弛豫Z方向~

~~~是Fix Cartesian position 中么？那苯环变得这么扭曲是什么原因造成的啊？
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BestWishes
3楼2012-09-23 20:27:08
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cosfrist

木虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-24 15:32:10
吸附限制X,Y方向就可以避免苯环内原子的相对变形，会整体向吸附面靠近。你不做限制的话，就可以造成扭曲，原因当然是吸附表面对苯环的不同原子的吸附作用不一样造成的啦
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力学出身搞过生物医学工程的研究计算材料学的医学影像系青椒一枚
4楼2012-09-24 09:41:46
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cosfrist at 2012-09-24 09:41:46
吸附限制X,Y方向就可以避免苯环内原子的相对变形，会整体向吸附面靠近。你不做限制的话，就可以造成扭曲，原因当然是吸附表面对苯环的不同原子的吸附作用不一样造成的啦

谢谢你细心的解答，不过我还想问一下，Castep里只有 Cartesian才可以限制X,Y 方向，而限制 Cartesian就意味着吸附质的笛卡尔坐标不变，这样如果吸附质原来在5A的位置的话，优化完之后，还在5A，这样算出来的结果正确么？
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5楼2012-09-24 10:29:38
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cosfrist at 2012-09-24 09:41:46
吸附限制X,Y方向就可以避免苯环内原子的相对变形，会整体向吸附面靠近。你不做限制的话，就可以造成扭曲，原因当然是吸附表面对苯环的不同原子的吸附作用不一样造成的啦

而且，按您说的，苯环的扭曲是由于吸附表面对苯环不同原子的吸附作用不同而造成的，如果限制了其方向之后，这样的作用就体现不出来，计算结果是不是反而不对了
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6楼2012-09-24 10:48:07
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cosfrist

木虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-09-24 15:32:38
你要弛豫Z方向啊，怎么会优化之后不变呢？而且吸附表面(下面的表面)需要弛豫，不能固定，只是限制苯环的X,Y平面的变形而已。
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力学出身搞过生物医学工程的研究计算材料学的医学影像系青椒一枚
7楼2012-09-24 14:10:34
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cosfrist at 2012-09-24 14:10:34
你要弛豫Z方向啊，怎么会优化之后不变呢？而且吸附表面(下面的表面)需要弛豫，不能固定，只是限制苯环的X,Y平面的变形而已。

晚辈愚钝，有些地方还是不太明白：
（1）就像您在起初回复时说的，苯环的扭曲是由于“吸附表面对苯环的不同原子的吸附作用不一样造成的”如果把x,y方向固定后，表面对苯环不同原子的吸附作用如何体现？
（2）您说的“吸附表满（下面的表面）需要弛豫，不能固定”是不是意味着：在计算吸附能时，是一个结构（吸附表面不固定）；而在搜索过度态时（由于吸附表面需要固定），该结构就不能用了，而需要再优化一遍
谢谢赐教，不胜感激啊
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8楼2012-09-24 15:26:15
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cosfrist

木虫 (小有名气)
★
WDD880227: 金币+1, 谢谢指教 2012-09-26 16:41:08
1:吸附作用是相互的，原则上来说苯环内部对苯环原子的束缚应该会大于吸附面的作用，所以苯环内原子能够大致保持在原来的构型(平面？)，但是吸附面上的原子会有相应的位移。感觉就像是苯环在"拉"吸附面上的原子一样(当然，苯环本身也会向吸附面靠近)
2：这个不是很不清楚
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力学出身搞过生物医学工程的研究计算材料学的医学影像系青椒一枚
9楼2012-09-25 08:03:04
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fanhongxiang

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by cosfrist at 2012-09-25 08:03:04
1:吸附作用是相互的，原则上来说苯环内部对苯环原子的束缚应该会大于吸附面的作用，所以苯环内原子能够大致保持在原来的构型(平面？)，但是吸附面上的原子会有相应的位移。感觉就像是苯环在"拉"吸附面上的 ...

那如果苯环内部对苯环原子的束缚要大于吸附面得作用的话，其实，对其进行限制也就是没必要的了，因为其自身本身就可以保护自己，额，还是很矛盾，谢谢了，如果方便的话，您能留下您的QQ号么，以后有什么问题我就可以直接联系您了，不甚感激~~
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10楼2012-09-25 16:18:57
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