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何用NAMD来构建小分子、DNA分子及模拟它们之间的作用
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如何用NAMD来构建小分子、DNA分子，可以模拟它们之间的作用，计算能量，结合能，键合常数不?怎样模拟呢？论坛上的有关资料已经搜索过了~~希望有更具体的，谁能帮忙构建一个鱼精子DNA分子结构或含有鸟嘌呤的一个鱼精子DNA片段，以及及5’-GMP的，不胜感激~~~~急需~~~谢谢各位 [ Last edited by guoliju on 2012-9-21 at 12:43 ] |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-21 15:07:06
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-21 15:07:06
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NAMD 是计算模拟软件，不是建模软件，你需要建立好各种模型，然后做好参数化，导入到NAMD 中计算。 你仔细搜索论坛的资料，应该足够你入门的了。 再看看官网上的 教程吧： http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 看这个主题 Modeling Nanopores for Sequencing DNA (pdf, 15M), (required tutorial files, [.tar.gz, 277M]) 仔细看明白了，你的问题都解决了。 |
2楼2012-09-21 14:23:15