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银色蒲公英

银虫 (小有名气)

[求助] 做scan时怎么保持两个原子间键长不变

例如扫描分子A-B-C-D中的BC键长，怎么保持CD键长不变?
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1楼 2012-09-20 09:23:46
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chuanan027

木虫 (著名写手)
opt=modredundant，你查一下这个关键词的用法就知道了。
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
2楼2012-09-20 12:52:43
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银色蒲公英

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuanan027 at 2012-09-20 12:52:43
opt=modredundant，你查一下这个关键词的用法就知道了。

谢谢！我看到这样一个例子：
# HF/6-31G* Opt=ModRedundant Test
Partial optimization
1 1
C  
H 1 R1
H 1 R1 2 A1
O 1 R2 2 A2 3 120.0
H 4 R3 3 A3 2 180.0
A1=120.0
...
R3=1.1

4 5        1.3 F
5 4 3 2        F

这个例子中1.3F和F代表什么？
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只要你勇敢地说再见，生活一定赐予你一个新的开始
3楼2012-09-20 14:45:19
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chuanan027

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 银色蒲公英 at 2012-09-20 14:45:19
谢谢！我看到这样一个例子：
# HF/6-31G* Opt=ModRedundant Test
Partial optimization
1 1
C  
H 1 R1
H 1 R1 2 A1
O 1 R2 2 A2 3 120.0
H 4 R3 3 A3 2 180.0
A1=120.0
...
R3=1.1

4 5  ...

4 5 1.3 F
表示将4和5这两个原子的距离固定在1.3埃.
如果写成
4 5 s 20 0.1
表示柔性扫描4跟5之间距离，扫描步数为20步，每步步长为0.1埃，s表扫描。
按照你的想法这样写好了
前面用opt=modredundant，分子构型后面写
C D F
A B S 20 0.1
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银色蒲公英
Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
4楼2012-09-20 15:33:53
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银色蒲公英

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by chuanan027 at 2012-09-20 15:33:53
4 5 1.3 F
表示将4和5这两个原子的距离固定在1.3埃.
如果写成
4 5 s 20 0.1
表示柔性扫描4跟5之间距离，扫描步数为20步，每步步长为0.1埃，s表扫描。
按照你的想法这样写好了
前面用opt=modredundant，分子构 ...

我懂了！谢谢！
我计算的真实的分子其实比这个大些，在保存为内坐标的时候，没有我想固定的那两个原子之间的键长，是不是得自己重新写内坐标啊？如果这样的话，我还有很多类似的结构，都要重新写就太麻烦了
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只要你勇敢地说再见，生活一定赐予你一个新的开始
5楼2012-09-20 16:25:54
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chuanan027

木虫 (著名写手)
你是要柔性扫描还是刚性扫描。前者是每发生一次变化（如例子中每增加0.1埃）都要优化结构到合理的状态（除了你规定不变的键长外）；刚性扫描的话只是计算设定单点的能量，不会进行结构优化。如果你用前者，就像我之前给你写的那样写就好了(把A B 改成B C，之前这里写错了)。如果用后者，又没有你想固定的那两个原子之间的键长的话，只能一步步自己调bc距离算单点了。不知道我说的对不对，还望看到这个帖子的大虾斧正。
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
6楼2012-09-20 17:11:47
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银色蒲公英

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chuanan027 at 2012-09-20 17:11:47
你是要柔性扫描还是刚性扫描。前者是每发生一次变化（如例子中每增加0.1埃）都要优化结构到合理的状态（除了你规定不变的键长外）；刚性扫描的话只是计算设定单点的能量，不会进行结构优化。如果你用前者，就像我之 ...

貌似我的是后者，没有别的办法了吗?
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7楼2012-09-21 08:49:31
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chuanan027

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 银色蒲公英 at 2012-09-21 08:49:31
貌似我的是后者，没有别的办法了吗?...

你也可以用柔性扫描啊，只不过时间久一点。
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Timeandtidewaitfornoman.Comeon,baby!
8楼2012-09-21 13:57:46
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