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lizzie_su

木虫 (小有名气)

[求助] discovery studio中ligandfit

使用ligandfit 对接,
结果中
Molecule: 1.1_1
Molecule no. : 1
Rotatable bonds: 6
MC termination values: 9000 / 2100
Flexible Docking   ... done 75.8[s]
MC termination condition encounted. Stopped at 3133 iterations.

Molecule  Pose     Score   dPMI
     1      1      36.59   1.91
     1      2      36.38   1.55
     1      3      32.35   1.65
     1      4      30.68   0.98
     1      5      30.41   1.98
     1      6      30.40   1.98
     1      7      30.40   1.64
     1      8      30.33   1.49
     1      9      29.74   1.34
     1     10      29.49   1.69

----------------------------------------

Poses saved: 10

Total elapsed time: 1:34 [min:sec]
Run completed at: Wed Sep 19 19:26:09 2012

Released license for ligfit_ext...



但是view result中“no output was genentated by protocol”-->  more-->
try changing the protocol parameters and rerun. to change some paremeters you need to "save protocol setting"

我的理解是,log中表示已经生成了结果,但是没有输出poses?
需要修改输出的参数?是哪个参数呢?
且用同样的条件和蛋白对接另一个分子的时候就没有这个问题,是小分子格式的问题吗?我用的是simlib生成的小分子,存的是sd格式。
麻烦各位指点。
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lizzie_su

木虫 (小有名气)


csgt0: 金币+1, 欢迎交流分享经验 2012-09-20 11:43:59
我来自问自答了。
在file中有一个自己小分子名字命名的XX.sd打开,里面就有你的小分子和对接打分等等。然后全部选中,复制黏贴到自己的蛋白文件中,好了,完成~版主~自问自答有何鼓励~~~
2楼2012-09-20 10:57:01
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