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discovery studio中ligandfit
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使用ligandfit 对接， 结果中 Molecule: 1.1_1 Molecule no. : 1 Rotatable bonds: 6 MC termination values: 9000 / 2100 Flexible Docking ... done 75.8[s] MC termination condition encounted. Stopped at 3133 iterations. Molecule Pose Score dPMI 1 1 36.59 1.91 1 2 36.38 1.55 1 3 32.35 1.65 1 4 30.68 0.98 1 5 30.41 1.98 1 6 30.40 1.98 1 7 30.40 1.64 1 8 30.33 1.49 1 9 29.74 1.34 1 10 29.49 1.69 ---------------------------------------- Poses saved: 10 Total elapsed time: 1:34 [min:sec] Run completed at: Wed Sep 19 19:26:09 2012 Released license for ligfit_ext... 但是view result中“no output was genentated by protocol”--> more--> try changing the protocol parameters and rerun. to change some paremeters you need to "save protocol setting" 我的理解是，log中表示已经生成了结果，但是没有输出poses? 需要修改输出的参数？是哪个参数呢？ 且用同样的条件和蛋白对接另一个分子的时候就没有这个问题，是小分子格式的问题吗？我用的是simlib生成的小分子，存的是sd格式。 麻烦各位指点。 |
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2楼2012-09-20 10:57:01