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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[求助] modeller 模建，vmd查看，坐标变化的问题

各位老师，师兄，师姐：
关于modeller的使用，有个问题向大家请教。
Modeler在模建好的结构B，怎样做才能与模板A的坐标尽量重合？
以1QGT.pdb为例，向大家请教这个问题：
1QGT.pdb的原始序列为：
>1QGT:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
>1QGT:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
>1QGT:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
>1QGT|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
在模建时我选用chain C为模板：
MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPA
SRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV

然后在chain C中的第86个氨基酸插入：
LTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSL
插入后的序列为：
MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVLTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSLNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
下面就是使用了modeller进行了同源模建：
选取1QGT chain C，1FOD chain 1 作为模板，模建后的pdb为model.pdb，我发现使用vmd对1QGT.pdb的chain C 及model.pdb进行加载时，没有自动重合，而且模建后的model.pdb构象发生了扭转，说明模建后的结构（model.pdb）的坐标与1QGT.pdb的坐标不一致了，当然，手动可以调节到尽量重合，我现在的问题是：
1.
怎样让模建后结构的坐标与1QGT.pdb chain C的坐标尽量重合（自动重合的脚本）
2.
modeler有没有这方面的功能（与1的目的一样）

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  • 附件 1 : 1QGT.pdb
    • 2012-09-13 13:14:29, 421.69 K
  • 附件 2 : model.pdb
    • 2012-09-13 13:14:42, 113.3 K

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1楼 2012-09-13 13:14:52
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nufang19a

金虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励自己把解决问题的方法公布，方便后来人学习 2012-09-13 16:50:57
已解决，其实，是与插入的位点，原结构的容纳性及插入结构的形态有关。
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-13 16:44:39
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