应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » modeller 模建，vmd查看，坐标变化的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
21/1返回列表
查看: 895  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

nufang19a

金虫 (正式写手)

[求助] modeller 模建，vmd查看，坐标变化的问题

各位老师，师兄，师姐：
关于modeller的使用，有个问题向大家请教。
Modeler在模建好的结构B，怎样做才能与模板A的坐标尽量重合？
以1QGT.pdb为例，向大家请教这个问题：
1QGT.pdb的原始序列为：
>1QGT:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
>1QGT:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
>1QGT:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
>1QGT|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
在模建时我选用chain C为模板：
MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPA
SRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV

然后在chain C中的第86个氨基酸插入：
LTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSL
插入后的序列为：
MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVLTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSLNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV
下面就是使用了modeller进行了同源模建：
选取1QGT chain C，1FOD chain 1 作为模板，模建后的pdb为model.pdb，我发现使用vmd对1QGT.pdb的chain C 及model.pdb进行加载时，没有自动重合，而且模建后的model.pdb构象发生了扭转，说明模建后的结构（model.pdb）的坐标与1QGT.pdb的坐标不一致了，当然，手动可以调节到尽量重合，我现在的问题是：
1.
怎样让模建后结构的坐标与1QGT.pdb chain C的坐标尽量重合（自动重合的脚本）
2.
modeler有没有这方面的功能（与1的目的一样）

期待您的指点
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1QGT.pdb
    • 2012-09-13 13:14:29, 421.69 K
  • 附件 2 : model.pdb
    • 2012-09-13 13:14:42, 113.3 K

» 猜你喜欢
1楼 2012-09-13 13:14:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nufang19a

金虫 (正式写手)
★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励自己把解决问题的方法公布，方便后来人学习 2012-09-13 16:50:57
已解决，其实，是与插入的位点，原结构的容纳性及插入结构的形态有关。
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-13 16:44:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nufang19a 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 319求调剂 +4 星星不眨眼喽 2026-04-03 4/200 2026-04-04 16:25 by 中飞院空管学院�
[考研] 求调剂 +3 wos666 2026-04-03 3/150 2026-04-04 05:16 by gswylq
[考研] 268求调剂 +8 你好tg 2026-04-03 9/450 2026-04-04 05:08 by gswylq
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 298求调剂 +9 种圣赐 2026-03-29 9/450 2026-04-03 17:52 by Jimmyandyou
[基金申请] esi高被引论文是不是能对中标有所加分和帮助呢 +5 redcom 2026-04-01 6/300 2026-04-03 15:15 by Howard28
[考研] 0854求调剂 +3 assdll 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:32 by fxue1114
[考研] 11408，284分，二战真诚求调剂 +4 12.27 2026-04-02 4/200 2026-04-03 14:14 by dxiaoxin
[考研] 313求调剂 +3 ～微微凉～ 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:25 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿复旦材料，英一专硕，总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
[考研] 材料化工340求调剂 +5 jhx777 2026-03-30 5/250 2026-04-02 12:45 by smileboy2006
[考研] 考研调剂 +12 Amber00 2026-03-31 12/600 2026-04-02 09:04 by sanrepian
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 考研材料工程351分调剂 +5 整个好的 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:36 by topgun2009
[基金申请] 面上5B能上会吗？ +8 redcom 2026-03-29 8/400 2026-03-31 15:53 by niuailing
[考研] 求调剂 +10 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 10/500 2026-03-30 18:34 by 544594351
[考研] 一志愿双一流机械285分求调剂 +4 幸运的三木 2026-03-29 5/250 2026-03-29 14:49 by Miko19
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭