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modeller 模建，vmd查看，坐标变化的问题
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各位老师，师兄，师姐： 关于modeller的使用，有个问题向大家请教。 Modeler在模建好的结构B，怎样做才能与模板A的坐标尽量重合？ 以1QGT.pdb为例，向大家请教这个问题： 1QGT.pdb的原始序列为： >1QGT:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV >1QGT  |PDBID|CHAIN|SEQUENCEMDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 在模建时我选用chain C为模板： MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPA SRDLVVNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 然后在chain C中的第86个氨基酸插入： LTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSL 插入后的序列为： MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGNNLEDPASRDLVVLTNVRGDLQVLAQKAARPLPGGGRHKQKIVAPVKQSLNYVNTNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLPETTVV 下面就是使用了modeller进行了同源模建： 选取1QGT chain C，1FOD chain 1 作为模板，模建后的pdb为model.pdb，我发现使用vmd对1QGT.pdb的chain C 及model.pdb进行加载时，没有自动重合，而且模建后的model.pdb构象发生了扭转，说明模建后的结构（model.pdb）的坐标与1QGT.pdb的坐标不一致了，当然，手动可以调节到尽量重合，我现在的问题是： 1. 怎样让模建后结构的坐标与1QGT.pdb chain C的坐标尽量重合（自动重合的脚本） 2. modeler有没有这方面的功能（与1的目的一样） 期待您的指点 |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 1QGT.pdb
- 附件 2 : model.pdb
2012-09-13 13:14:29, 421.69 K
2012-09-13 13:14:42, 113.3 K
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2楼2012-09-13 16:44:39
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