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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 没有已知抑制剂的潜在靶点抑制剂筛选
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scusmf

铁虫 (初入文坛)

[求助] 没有已知抑制剂的潜在靶点抑制剂筛选

现在有一个潜在靶点，有文章报道这个蛋白和某些癌症有关，蛋白的三维结构已经通过同源建模构建出来。现在想针对这个靶点设计一些抑制剂，最好是筛选一些实体库，如果效果好可以直接购买，现在请问能有哪些计算机药物设计的方法可以用来进行筛选？具体应该怎么做？新手，求各位大神帮帮忙！
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1楼 2012-09-12 15:11:03
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-14 11:53:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by scusmf at 2012-09-13 11:00:43
你好，现在主要因为没有这个靶点的抑制剂，用对接的话参数没法参考已知抑制剂设计，药效团也不知道选什么结构，如果直接这样用对接筛选化合物库的话，可信程度会不会太低了。...

虚拟筛选本来就有概率，看你测多少个了，搞高通量筛选的都是测几千上万的，一般能搞出来几十个。虚拟筛选就不少说了
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4楼2012-09-13 23:20:04
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:39
scusmf: 金币+10, ★有帮助 2012-09-14 09:31:49
如果你现在已经有了三维结构，而且比较确定作用位点的话，可以先使用对接进行化合物库的筛选，对接软件有很多，比如dock,autodock，都是免费的。另外可以给予受体结构进行药效团模型的构建，然后进行筛选。如果目前已经有了很多这个靶点的抑制剂，可以考虑建立qsar模型。实体库可以使用zinc数据库，maybridge等可以买的到的数据库。
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2楼2012-09-12 18:47:54
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jawang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by scusmf at 2012-09-13 11:00:43
你好，现在主要因为没有这个靶点的抑制剂，用对接的话参数没法参考已知抑制剂设计，药效团也不知道选什么结构，如果直接这样用对接筛选化合物库的话，可信程度会不会太低了。...

这个我觉得需要多建几个模型，同意楼上的观点，虚拟筛选本来就是概率的问题。第一轮的话，估计还是需要多买些结构多样的化合物，然后进行生物实验，等有实验反馈了，才好确定。
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5楼2012-09-14 20:43:16
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