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求构建蛋白溶解在尿素盒子中的方法
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本人刚学NAMD不久，很多东西不明白，希望有高人给予指导。我要构建CHARMM27力场的【蛋白+尿素+水】盒子，然后用NAMD研究蛋白在尿素溶液中的变化情况。 目前已经从论坛上得到尿素的top和par文件，但却不知如何构建【protein+urea+water】的盒子。 看过NAMD教程，了解VMD中solvate命令可以构建水盒子，但其他溶剂盒子，也没有具体教程，而且不能确定溶剂分子个数。 NAMD中psfgen命令似乎也行，但同样不会使用。 有没有高手指教一下，万分感谢啊！ |
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