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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] fosmide克隆文库

各位，本人菜鸟，前段时间在文献上看到作者构建了fosmide克隆文库，看了半天也没太看懂。请问各位一般在什么情况下才需要构建fosmide文库啊？它除了插入片段长之外，还有什么其它特点吗？
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1楼 2012-09-09 16:32:24
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)
★
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-09-10 13:46:28
这包含的东西就多了。不同文库使用的载体不同，要根据你需要研究的基因大小来决定。插入片段大的载体文库，便于研究大片段的基因或基因上下游的调控序列;插入片段小的文库便于研究基因片段较小的基因，测续费用也会降低。多看看文献就知道了
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不放弃，日子总有阳光，追求总有希望！
2楼2012-09-09 23:14:54
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cexoihtydx at 2012-09-09 23:14:54
这包含的东西就多了。不同文库使用的载体不同，要根据你需要研究的基因大小来决定。插入片段大的载体文库，便于研究大片段的基因或基因上下游的调控序列;插入片段小的文库便于研究基因片段较小的基因，测续费用也会 ...

非常感谢！不过我看的那篇文献，其实研究的目的基因只有700bp，但是作者先构建了fosmide文库，然后再提取质粒DNA，针对目的基因做PCR，再建克隆文库，然后进化分析。我不懂，为什么之前要先建fosmide文库？
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3楼2012-09-10 09:29:27
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+7, ★★★很有帮助 2012-09-11 10:23:11
他拿什么DNA材料构建fosmid文库啊?一般建库成功后，可以用于很多基因的研究，在你看的文献中只是从构建的库中成功克隆了这个基因，如果他克隆了其它的基因，也完全可以按照同样的思路来论述。
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不放弃，日子总有阳光，追求总有希望！
4楼2012-09-10 18:44:15
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cexoihtydx at 2012-09-10 18:44:15
他拿什么DNA材料构建fosmid文库啊?一般建库成功后，可以用于很多基因的研究，在你看的文献中只是从构建的库中成功克隆了这个基因，如果他克隆了其它的基因，也完全可以按照同样的思路来论述。

他是对一个混合菌群提取的基因组，然后末端修饰，再电泳回收40-50kb的片段构建文库。我不明白的是，为什么之前要先建fosmide文库，直接对基因组克隆目的基因不就好了吗？
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5楼2012-09-11 10:22:54
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-11 10:22:54
他是对一个混合菌群提取的基因组，然后末端修饰，再电泳回收40-50kb的片段构建文库。我不明白的是，为什么之前要先建fosmide文库，直接对基因组克隆目的基因不就好了吗？...

请问，他利用构建好的文库如何获取目的基因的?功能筛选还是序列筛选?
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6楼2012-09-11 22:38:17
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cexoihtydx at 2012-09-11 22:38:17
请问，他利用构建好的文库如何获取目的基因的?功能筛选还是序列筛选?...

我看不太懂。貌似是直接对阳性克隆提取质粒DNA，然后针对目的基因做PCR，再建立目的基因的克隆文库。
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7楼2012-09-12 08:40:32
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cexoihtydx

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
mahoumeimei: 金币+8, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-09-12 15:05:09
小丹木木: 金币+5, MolEPI+1, 几个回复一起给予EPI，欢迎常来 2012-09-12 16:02:06
引用回帖:
7楼: Originally posted by mahoumeimei at 2012-09-12 08:40:32
我看不太懂。貌似是直接对阳性克隆提取质粒DNA，然后针对目的基因做PCR，再建立目的基因的克隆文库。...

一方面，提取的样本基因组总DNA是十分复杂的，其中的很多成分也会对PCR起到抑制作用，如果不构建fosmid文库，直接进行PCR，克隆成功的概率很低，毕竟要受到目的基因在基因组中的丰度高低的影响；另一方面，构建fosmid文库后，会将基因组DNA中大量的基因插入到fosmid质粒中，可在大肠杆菌中保存，后续只需培养大肠杆菌即可进行基因组信息的复制（即提取质粒即可）。希望你能明白。很多文献中会有更详细的介绍。
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不放弃，日子总有阳光，追求总有希望！
8楼2012-09-12 12:38:31
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hraikeyan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cexoihtydx at 2012-09-11 22:38:17
请问，他利用构建好的文库如何获取目的基因的?功能筛选还是序列筛选?...

大侠，请问如果只筛选一个目标酶的基因序列，用功能筛选，需要构建fosmide文库吗？还是直接构建亚基因文库？
还有构建基因文库，一般提取基因组是不是要自配溶液提取？我的片段是1500bp左右。用自配的溶液一直都提不出来，所以想用试剂盒试试提，结果提出来了。所以考虑可不可以用试剂盒提？
您那有革兰氏阳性菌的基因组提取方法吗？可以借我借鉴一下吗？
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nothing isimpossible
9楼2012-11-14 09:38:19
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