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lfcmike

新虫 (初入文坛)

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[资源] autodocktools 在linux下安装

MGLTools包含了

AutoDockTools (ADT)

AutoDockTools AutoDockTools is graphical front-end for setting up and running AutoDock - an automated docking software designed to predict how small molecules, such as substrates or drug candidates, bind to a receptor of known 3D structure.

Python Molecular Viewer (PMV)

PMV PMV is a powerful molecular viewer that has a number of customizable features and comes with many pluggable commands ranging from displaying molecular surfaces to advanced volume rendering.

Vision

[PMV] Vision is a visual-programming environment in which a user can interactively build networks describing novel combinations of computational methods, and yielding new visualizations of their data without actually writing code.

这三部分  。。
下面来说一下这软件的安装方法。。我是在ubuntu 12 下测试安装
安装包下载：  http://115.com/file/dp49c2wa
下载所有需要的安装包

第一步，安装环境，这软件需要python imaging library （PIL）环境
PIL 还需要安装
TKINTER
JPEG
ZLIB (PNG/ZIP)
FREETYPE2
LITTLECMS
这里只需要安装 JPEG  ZLIB (PNG/ZIP)  FREETYPE2

安装方法在terminal下输入命令

安装zlib
shell:

$ tar -xvzf zlib-1.2.5.tar.gz
$ cd zlib-1.2.5
$ ./configure --prefix=/usr/local       {自定义安装在 /usr/local 文件夹}
$ make
$ sudo make install

安装 png
shell:

$ tar -xvzf libpng-1.5.6.tar.gz
$ cd libpng-1.5.6
$ ./configure --prefix=/usr/local       {自定义安装在 /usr/local 文件夹}
$ make
$ sudo make install

安装freetype
shell:

$ tar -jxf freetype-2.4.7.tar.gz
$ cd freetype-2.4.7/
$ ./configure --prefix=/usr/local       {自定义安装在 /usr/local 文件夹}
$ make
$ make install

安装install jpeg
shell:

$ tar -xvzf jpegsrc.v8c.tar.gz
$ cd jpeg-8c/
$ ./configure --prefix=/usr/local                {自定义安装在 /usr/local 文件夹}
$ make
$ sudo make install

接下来安装PIL（Python Imaging Library ）

$ tar -xvzf Imaging-1.1.7.tar.gz
$ cd Imaging-1.1.7/

在安装前测试一下

shell:

$ python setup.py build_ext -i

回输出：

PIL 1.1.7 SETUP SUMMARY
——————————————————————–
version 1.1.7
platform linux2 2.7.1+ (r271:86832, Apr 11 2011, 18:13:53)
[GCC 4.5.2]
——————————————————————–
*** TKINTER support not available
— JPEG support available ———————–> OK！
— ZLIB (PNG/ZIP) support available ———————–> OK！
— FREETYPE2 support available ———————–> OK！
*** LITTLECMS support not available
——————————————————————–

正式安装：

shell:

$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install

第一步就完成了。。

第二步，安装MGLTools 。

安装方法：

进入文件目录：

shell：

$ cd  {MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件地址}

1，给MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件授权：

shell：

$ chmod +x MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install

2，运行 MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件

shell:

$ sudo /MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install文件地址/MGLTools-Linux-x86_1.5.6cr3-Install

3，按提示安装。。

4，安装后配置MGLTools 。

需要将 /home/lfcmike/MGLTools-1.5.6rc3/bin 添加到路径环境中。

shell：

$ export PATH="/usr/local/MGLTools-1.5.6rc3/bin:"$PATH

或者是：

$ alias pmv='/usr/local/MGLTools-1.5.6rc3/bin/pmv'
$ alias adt='/usr/local/MGLTools-1.5.6rc3/bin/adt'
$ alias vision='/usr/local/MGLTools-1.5.6rc3/bin/vision'
$ alias pythonsh='/usr/local/MGLTools-1.5.6rc3/bin/pythonsh'

5，

shell：

$ /usr/local/MGLTools-1.5.6rc3/bin/python setup.py install

第二步完成。。

最后运行 MGLTools

shell：

$ adt

有关错误解决方法：MGLTools http://mgltools.scripps.edu/downloads/instructions/linux/

[ Last edited by lfcmike on 2012-9-8 at 12:56 ]

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