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rodwell

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】PGL3-basic载体,连500bp左右的片段,菌落长得很满,却都是空载体 已有1人参与

这个做了两次,第一次:质粒跟目的片段酶切都是37度过夜的,质粒也切开了(4800bp处条带),连接是4度过夜连的(所用T4的说明书上是4度)。转化amp板子之后第二天密密麻麻都是菌落,但是提出来的质粒双切之后只能看到载体条带,500bp处空空如也,但奇怪的是PCR却能P出500bp条带来。
不死心,拿去测序,果然转进去的是空质粒。
理论上感受态细胞只能接受一种质粒啊,所以又否决了重组和空载都转进去了的猜测。

第二次P完之后先拿去测序,无误,其他步骤同上,不过多连接了半天,结果还是一样,这次连PCR都没条带了。 但还是能长出密密麻麻的菌落,然后提出来发现是空质粒。

排查各种情况后,俺认为双酶切按理说不应该自连这么严重啊~  会不会是双切的时候,有一个酶没切开?但是Bgl II和Xhol I都是常用酶,还共用H-buffer,这样看来会不会是其中一个酶失活了?

带着这个猜测,我用两种酶分别单切了质粒,再加上一个未切的质粒作control,跑出来的结果是:两个酶都在4800bp处有条带,而control由于超螺旋明显跑到了前面。。。但我留意到其中Xhol I 在大于5K marker的地方,也就是更靠后的地方还有一条带,俺的问题就在这里:这是不是说吗Xhol I 有问题?是不是一部分只切开了单链?

另外如果不是酶的问题,这个过程中还会有哪些步骤会导致“克隆很多,却全是空载体”这种局面呢? 跪求指导~
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6491333

铁虫 (小有名气)

怪我咯|本人是用生命唱歌的歌手一名!
3楼2016-10-07 22:31:41
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xiaofei1712

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


rodwell(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-04 19:34:08
去磷酸化可以减少载体自连。空载体是因为酶切开之后还是载体比较容易连接在一起。
你这两个酶你看下这个酶切位点是不是一样啊
2楼2014-09-04 17:44:38
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