24小时热门版块排行榜    

查看: 5251  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

杜丫丫

金虫 (正式写手)

[求助] 无机晶体数据库(FindIt)--MS--Crystal Maker

以后会用VASP计算LaBO3(各种3d金属 钙钛矿)的SLAP ,先就找出它们的结构进行优化。在无机晶体数据库(ICSD)中找到LaFeO3的原子坐标等等结构信息,但是cif文件(1)导入MS中,发现两个氧原子占据同一个位置,这样就无法读出正确的POSCAR文件一;但是如果先将此cif文件(1)导入CrystalMaker中,就不会出现两个氧原子占据同一个位置的情况,结构清楚,然后在CrystalMaker中输出cif文件(2),再将此cif文件(2)导入MS中,就不会出现两个氧原子占据同一个位置的情况,这样就读出相应的POSCAR文件二,然后放入VASP中进行计算。
     问题:1、老板说,从cif文件(1)到cif文件(2),MAKER可能已将LaFeO3的结构改变了(我们组用MAKER很少,所以不是很清楚);
             我的解释是MS可能只接受标准cif文件,所以现几年的其他格式的cif文件无法正确识别,而MAker可以,同时MAker导出的cif文件格式又是标准的,所以MS这次可以正确识别
            其实,我没有什么理论支持这个解释,麻烦各位帮忙看看,这是什么道理。?
          2、暂时没有多少关于lafeo3的各种实验或是理论数据,暂时只有XRD表征,所以无法很好的将VASP的计算结果进行比对,这样就无妨判断CIF文件(2)导入MS得出POSCAR文件二是否正确,也就是从ICSD--CrystalMakr--MS这一过程是否合理,结构有无变化。大家觉得,可以判断么??
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

杜丫丫

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 06022043 at 2012-09-11 13:23:16
你可以手工建一下。cif导入MS时,默认的option应该是origin-1,有时候这个选择不行。你手工建一下用origin-2 应该就可以了。 可能还是cif的问题。

是BUILD--SPACE下的origin,还是BUILD--SPACE并列的origin??如果是BUILD--SPACE下的origin,我的MS里只显示有origin-1,下拉单里没有origin-2 等其他?
5楼2012-09-11 14:20:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

liuwell

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金币+5, 有帮助 2012-09-11 14:11:39
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-11 14:52:33
多年前遇到过类似问题,好像是转换时丢了对称信息,你按ICSD文件的原子坐标手工建立晶体比较一下看,
2楼2012-09-11 10:18:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金币+5, 有帮助, 谢谢 2012-09-11 14:20:18
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-11 14:52:43
你可以手工建一下。cif导入MS时,默认的option应该是origin-1,有时候这个选择不行。你手工建一下用origin-2 应该就可以了。 可能还是cif的问题。
专心做学问
3楼2012-09-11 13:23:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

杜丫丫

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuwell at 2012-09-11 10:18:37
多年前遇到过类似问题,好像是转换时丢了对称信息,你按ICSD文件的原子坐标手工建立晶体比较一下看,

我用ICSD中原子坐标建过,在MS中得到的结构仍然是两个氧原子占同一位置
4楼2012-09-11 14:10:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业(081702)315分求调剂 +9 yangfz 2026-03-17 9/450 2026-03-18 12:38 by 尽舜尧1
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +6 Becho359 2026-03-11 6/300 2026-03-18 12:09 by djl2006
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 8/400 2026-03-17 19:03 by Wangjingyue
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 【0856】化学工程(085602)313 分,本科学科评估A类院校化学工程与工艺,诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 8/400 2026-03-17 16:57 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料与化工 +4 安全上岸! 2026-03-16 4/200 2026-03-17 14:02 by 勇敢太监王公公
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +5 ly3471z 2026-03-13 5/250 2026-03-16 16:16 by 哦哦123
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
信息提示
请填处理意见