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杜丫丫

金虫 (正式写手)

[求助] 无机晶体数据库(FindIt)--MS--Crystal Maker

以后会用VASP计算LaBO3(各种3d金属 钙钛矿)的SLAP ,先就找出它们的结构进行优化。在无机晶体数据库(ICSD)中找到LaFeO3的原子坐标等等结构信息,但是cif文件(1)导入MS中,发现两个氧原子占据同一个位置,这样就无法读出正确的POSCAR文件一;但是如果先将此cif文件(1)导入CrystalMaker中,就不会出现两个氧原子占据同一个位置的情况,结构清楚,然后在CrystalMaker中输出cif文件(2),再将此cif文件(2)导入MS中,就不会出现两个氧原子占据同一个位置的情况,这样就读出相应的POSCAR文件二,然后放入VASP中进行计算。
     问题:1、老板说,从cif文件(1)到cif文件(2),MAKER可能已将LaFeO3的结构改变了(我们组用MAKER很少,所以不是很清楚);
             我的解释是MS可能只接受标准cif文件,所以现几年的其他格式的cif文件无法正确识别,而MAker可以,同时MAker导出的cif文件格式又是标准的,所以MS这次可以正确识别
            其实,我没有什么理论支持这个解释,麻烦各位帮忙看看,这是什么道理。?
          2、暂时没有多少关于lafeo3的各种实验或是理论数据,暂时只有XRD表征,所以无法很好的将VASP的计算结果进行比对,这样就无妨判断CIF文件(2)导入MS得出POSCAR文件二是否正确,也就是从ICSD--CrystalMakr--MS这一过程是否合理,结构有无变化。大家觉得,可以判断么??
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liuwell

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金币+5, 有帮助 2012-09-11 14:11:39
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-11 14:52:33
多年前遇到过类似问题,好像是转换时丢了对称信息,你按ICSD文件的原子坐标手工建立晶体比较一下看,
2楼2012-09-11 10:18:37
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06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金币+5, 有帮助, 谢谢 2012-09-11 14:20:18
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-11 14:52:43
你可以手工建一下。cif导入MS时,默认的option应该是origin-1,有时候这个选择不行。你手工建一下用origin-2 应该就可以了。 可能还是cif的问题。
专心做学问
3楼2012-09-11 13:23:16
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杜丫丫

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuwell at 2012-09-11 10:18:37
多年前遇到过类似问题,好像是转换时丢了对称信息,你按ICSD文件的原子坐标手工建立晶体比较一下看,

我用ICSD中原子坐标建过,在MS中得到的结构仍然是两个氧原子占同一位置
4楼2012-09-11 14:10:54
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杜丫丫

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 06022043 at 2012-09-11 13:23:16
你可以手工建一下。cif导入MS时,默认的option应该是origin-1,有时候这个选择不行。你手工建一下用origin-2 应该就可以了。 可能还是cif的问题。

是BUILD--SPACE下的origin,还是BUILD--SPACE并列的origin??如果是BUILD--SPACE下的origin,我的MS里只显示有origin-1,下拉单里没有origin-2 等其他?
5楼2012-09-11 14:20:03
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06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢指教 2012-09-11 14:52:51
引用回帖:
5楼: Originally posted by 杜丫丫 at 2012-09-11 14:20:03
是BUILD--SPACE下的origin,还是BUILD--SPACE并列的origin??如果是BUILD--SPACE下的origin,我的MS里只显示有origin-1,下拉单里没有origin-2 等其他?...

MS菜单里Build——Crystals——Build Crystal——Option后面的origin。 建结构收入空间群后才有的。你可以试一下。当然了,有的结构就只有origin-1
专心做学问
6楼2012-09-11 14:43:12
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李加伟

荣誉版主 (文坛精英)

不过凡人

优秀版主优秀版主

引用回帖:
4楼: Originally posted by 杜丫丫 at 2012-09-11 14:10:54
我用ICSD中原子坐标建过,在MS中得到的结构仍然是两个氧原子占同一位置...

你好,请问你后来是如何解决这个问题的呢?
人生海海,在于内心
7楼2015-11-13 20:42:06
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