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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 无机晶体数据库（FindIt）--MS--Crystal Maker
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杜丫丫

金虫 (正式写手)

[求助] 无机晶体数据库（FindIt）--MS--Crystal Maker

以后会用VASP计算LaBO3（各种3d金属 钙钛矿）的SLAP ，先就找出它们的结构进行优化。在无机晶体数据库（ICSD）中找到LaFeO3的原子坐标等等结构信息，但是cif文件（1）导入MS中，发现两个氧原子占据同一个位置，这样就无法读出正确的POSCAR文件一；但是如果先将此cif文件（1）导入CrystalMaker中，就不会出现两个氧原子占据同一个位置的情况，结构清楚，然后在CrystalMaker中输出cif文件（2），再将此cif文件（2）导入MS中，就不会出现两个氧原子占据同一个位置的情况，这样就读出相应的POSCAR文件二，然后放入VASP中进行计算。
     问题：1、老板说，从cif文件（1）到cif文件（2），MAKER可能已将LaFeO3的结构改变了（我们组用MAKER很少，所以不是很清楚）；
             我的解释是MS可能只接受标准cif文件，所以现几年的其他格式的cif文件无法正确识别，而MAker可以，同时MAker导出的cif文件格式又是标准的，所以MS这次可以正确识别
            其实，我没有什么理论支持这个解释，麻烦各位帮忙看看，这是什么道理。？
          2、暂时没有多少关于lafeo3的各种实验或是理论数据，暂时只有XRD表征，所以无法很好的将VASP的计算结果进行比对，这样就无妨判断CIF文件（2）导入MS得出POSCAR文件二是否正确，也就是从ICSD--CrystalMakr--MS这一过程是否合理，结构有无变化。大家觉得，可以判断么？？
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1楼 2012-09-05 15:14:20
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liuwell

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金币+5, ★有帮助 2012-09-11 14:11:39
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-11 14:52:33
多年前遇到过类似问题，好像是转换时丢了对称信息，你按ICSD文件的原子坐标手工建立晶体比较一下看，
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2楼2012-09-11 10:18:37
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06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2012-09-11 14:20:18
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-09-11 14:52:43
你可以手工建一下。cif导入MS时，默认的option应该是origin－1，有时候这个选择不行。你手工建一下用origin-2 应该就可以了。 可能还是cif的问题。
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专心做学问
3楼2012-09-11 13:23:16
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杜丫丫

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuwell at 2012-09-11 10:18:37
多年前遇到过类似问题，好像是转换时丢了对称信息，你按ICSD文件的原子坐标手工建立晶体比较一下看，

我用ICSD中原子坐标建过，在MS中得到的结构仍然是两个氧原子占同一位置
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4楼2012-09-11 14:10:54
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杜丫丫

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 06022043 at 2012-09-11 13:23:16
你可以手工建一下。cif导入MS时，默认的option应该是origin－1，有时候这个选择不行。你手工建一下用origin-2 应该就可以了。 可能还是cif的问题。

是BUILD--SPACE下的origin，还是BUILD--SPACE并列的origin？？如果是BUILD--SPACE下的origin，我的MS里只显示有origin－1，下拉单里没有origin-2 等其他？
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5楼2012-09-11 14:20:03
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06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢指教 2012-09-11 14:52:51
引用回帖:
5楼: Originally posted by 杜丫丫 at 2012-09-11 14:20:03
是BUILD--SPACE下的origin，还是BUILD--SPACE并列的origin？？如果是BUILD--SPACE下的origin，我的MS里只显示有origin－1，下拉单里没有origin-2 等其他？...

MS菜单里Build——Crystals——Build Crystal——Option后面的origin。 建结构收入空间群后才有的。你可以试一下。当然了，有的结构就只有origin－1
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专心做学问
6楼2012-09-11 14:43:12
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李加伟

荣誉版主 (文坛精英)

不过凡人

优秀版主优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by 杜丫丫 at 2012-09-11 14:10:54
我用ICSD中原子坐标建过，在MS中得到的结构仍然是两个氧原子占同一位置...

你好，请问你后来是如何解决这个问题的呢？
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人生海海，在于内心
7楼2015-11-13 20:42:06
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