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daniell251木虫 (著名写手)
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采用PBE方法计算 如何输入？
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一篇文献中说明了他们所采用的方法： ...Calculations used the exchange and correlation functionals of Perdew, Bueke, and Ernzerhof, and the TZVP basis set of Godbelt, Andzelm, and co-workers for carbon, hydrogen, oxygen and phosphorus. Calculations on gold employ the Stuttart 97 effective core potential and basis...... 我采用了如下的输入 结果报错 说有# opt=modredundant freq pbe/genecp 这一行存在语法错误 哪位达人能够帮助我解答吗 还有 我的整个输入是不是都存在问题 谢谢啦 # opt=modredundant freq pbe/genecp 文件名 1 1 结构坐标 Au 0 sddall **** C H P O 0 tzvp **** Au sddall ------------- 谢谢各位了 --------------- 问题貌似解决了 应该是在输入PBE 方法时 不能只输入一次 pbe 而是要采用 pbepbe . 可为什么会是这样呢 还有 我的其他输入有没有问题 谢谢大家了 [ Last edited by daniell251 on 2012-9-4 at 02:36 ] |
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小范范1989
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赝势基组 简单来说，赝势就是不计算内层电子，而是把内层电子的贡献用一个势来描述，放在哈密顿里面。适用于重元素。 http://blog.163.com/ares_119/blog/static/1157851132009513378305/ 赝势基组，实际上包括 赝势和基组两个部分，内层电子采用赝势，即effective core potential (ECP)，外层价电子采用一般的基组。 比如： LanL2DZ: D95V on first row, Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi. 就是对第一行原子是 D95V (这个是非赝势基组)，对Na-Bi是使用一个叫做Los Alamos的有效核势加上一个DZ基组。所以Lanl2dz就是对前面的原子全电子基组，对后面的原子是赝势基组。 （再次说明，量化里面，C，O那一行，算周期表的第一行） 使用赝势的3个原因： 1。没有相应的全电子基组。 2。减少计算量。 3。赝势可以包含重金属相对论效应的修正。 在高斯中，lanl2dz基组，在手册中可以查到其定义为： LanL2DZ: D95V on first row , Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi，也就是说，对于C，O等元素来说（量化中，H大概算第0周期，C，O才是第一周期），Lanl2dz实际上还是全电子基组，而对于Na以后才是对内层电子用Los Alamos ECP赝势，外层电子用DZ 基组。 使用赝势的输入文件： 1.所有原子使用lanl2dz -------------------------- #HF/lanl2dz opt lanl2dz for all atoms 0 2 O 0.0 0.0 0.0 C 0.0 0.0 1.2 Cu 0.0 0.0 3.2 -------------------------- 2.所有原子使用lanl2dz的另一种输入方法。 -------------------------- #HF/genecp opt lanl2dz for all atoms 0 2 O 0.0 0.0 0.0 C 0.0 0.0 1.2 Cu 0.0 0.0 3.2 C O 0 lanl2dz **** Cu 0 lanl2dz //定义价电子的基组, C O 0 是碳，氧，零，其中零用作终止符号。 **** Cu 0 lanl2dz //定义内层电子的赝势 -------------------------- 3.混和基组，即有的使用全电子，有的使用Lanl2dz。格式同2。 #HF/genecp opt lanl2dz for Cu, 6-31G(d) for C and O 0 2 O 0.0 0.0 0.0 C 0.0 0.0 1.2 Cu 0.0 0.0 3.2 C O 0 6-31G(d) //另一种全电子基组 **** Cu 0 lanl2dz //定义价电子的基组 **** Cu 0 lanl2dz //定义内层电子的赝势 Gaussian和MolPro计算，对位于分子不同区域的同一种原子使用不同基组的定义方式 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8278533&pid=2#pid2 1、计算的需求： 我们在计算中经常会遇到一种情况，就是分子比较大但又不至于太大而必须一部分使用类似QM/MM的方式处理，此时我们希望对整个分子用同一种计算方法（比如HF或MP2或CCSD(T)等），但想对分子的不同区域使用不同的基组，这与平常我们根据元素符号来定义基组有些不同，我们需要使用原子默认编号或自定义编号来定义基组。 2、Gaussian软件的设置方式： 2.1 关键词：gen 2.2 输入文件示例：甲醛分子，C和O用一种基组，两个H分别用另外两个不同的基组 ------------------------------------------------------------------------------------------ # MP2/gen MP2 calculation for formaldehyde 0 1 C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 1 2 0 aug-cc-pVTZ **** 3 0 cc-pVTZ **** 4 0 aug-cc-pVQZ **** 2.3 说明 2.3.1 在输入文件#打头的那一行要有一个gen关键词告诉程序去输入文件结尾读取基组信息，这与按照元素符号定义基组是一样的。 2.3.2 一个需要知道的知识是Gaussian软件默认分子坐标所在的行数当做分子的编号，比如第三行的原子的编号为3，在GaussView中称作Lebel，大多数Gaussian使用者不知道的是原子编号是可以用来定义基组的。 2.3.3 下面说到关键部分，即输入文件末尾的基组信息定义。 a. 最常用的情况：对不同的元素用不同的基组，此时具体基组上面一行出现的是元素符号，那一行以数字0结尾。 b. 需要不同区域的同一种原子用不同的基组时：可以将元素符号替换为原子编号。如果多个原子都用同一种基组可以写在一行中，如果原子编号是连续的，可以用“-”来定义一个范围，比如“7-16”表示编号从7到16的所有原子。 c. 注意事项：原子编号那一行仍然以数字“0”结尾；赝势的定义中关于原子的这一行与基组的定义方式一致。 |
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