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daniell251

木虫 (著名写手)

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[求助] 采用PBE方法计算如何输入？

一篇文献中说明了他们所采用的方法：
...Calculations used the exchange and correlation functionals of Perdew, Bueke, and Ernzerhof, and the TZVP basis set of Godbelt, Andzelm, and co-workers for carbon, hydrogen, oxygen and phosphorus. Calculations on gold employ the Stuttart 97 effective core potential and basis......

我采用了如下的输入结果报错说有# opt=modredundant freq pbe/genecp 这一行存在语法错误哪位达人能够帮助我解答吗还有我的整个输入是不是都存在问题谢谢啦

# opt=modredundant freq pbe/genecp

文件名

1 1

结构坐标

Au 0
sddall
****
C H P O 0
tzvp
****

Au
sddall

------------- 谢谢各位了

--------------- 问题貌似解决了应该是在输入PBE 方法时不能只输入一次 pbe 而是要采用 pbepbe . 可为什么会是这样呢还有我的其他输入有没有问题谢谢大家了

[ Last edited by daniell251 on 2012-9-4 at 02:36 ]

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1楼 2012-09-04 22:16:46

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小范范1989

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专业: 原子和分子物理

赝势基组
简单来说，赝势就是不计算内层电子，而是把内层电子的贡献用一个势来描述，放在哈密顿里面。适用于重元素。
http://blog.163.com/ares_119/blog/static/1157851132009513378305/
赝势基组，实际上包括赝势和基组两个部分，内层电子采用赝势，即effective core potential (ECP)，外层价电子采用一般的基组。比如：
LanL2DZ: D95V on first row, Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi.
就是对第一行原子是 D95V (这个是非赝势基组)，对Na-Bi是使用一个叫做Los Alamos的有效核势加上一个DZ基组。所以Lanl2dz就是对前面的原子全电子基组，对后面的原子是赝势基组。（再次说明，量化里面，C，O那一行，算周期表的第一行）
使用赝势的3个原因：
1。没有相应的全电子基组。
2。减少计算量。
3。赝势可以包含重金属相对论效应的修正。
在高斯中，lanl2dz基组，在手册中可以查到其定义为：
LanL2DZ: D95V on first row , Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi，也就是说，对于C，O等元素来说（量化中，H大概算第0周期，C，O才是第一周期），Lanl2dz实际上还是全电子基组，而对于Na以后才是对内层电子用Los Alamos ECP赝势，外层电子用DZ 基组。
使用赝势的输入文件：
1.所有原子使用lanl2dz
--------------------------
#HF/lanl2dz opt
lanl2dz for all atoms
0 2
O 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
--------------------------
2.所有原子使用lanl2dz的另一种输入方法。
--------------------------
#HF/genecp opt
lanl2dz for all atoms
0 2
O 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
C O 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz //定义价电子的基组, C O 0 是碳，氧，零，其中零用作终止符号。
****
Cu 0
lanl2dz //定义内层电子的赝势
--------------------------
3.混和基组，即有的使用全电子，有的使用Lanl2dz。格式同2。
#HF/genecp opt
lanl2dz for Cu, 6-31G(d) for C and O
0 2
O 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
C O 0
6-31G(d) //另一种全电子基组
****
Cu 0
lanl2dz //定义价电子的基组
****
Cu 0
lanl2dz //定义内层电子的赝势

Gaussian和MolPro计算，对位于分子不同区域的同一种原子使用不同基组的定义方式
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8278533&pid=2#pid2
1、计算的需求：
我们在计算中经常会遇到一种情况，就是分子比较大但又不至于太大而必须一部分使用类似QM/MM的方式处理，此时我们希望对整个分子用同一种计算方法（比如HF或MP2或CCSD(T)等），但想对分子的不同区域使用不同的基组，这与平常我们根据元素符号来定义基组有些不同，我们需要使用原子默认编号或自定义编号来定义基组。
2、Gaussian软件的设置方式：
2.1 关键词：gen
2.2 输入文件示例：甲醛分子，C和O用一种基组，两个H分别用另外两个不同的基组
------------------------------------------------------------------------------------------
# MP2/gen

MP2 calculation for formaldehyde

0 1
C       0.0000000000       0.0000000000    -0.5904227440
O       0.0000000000       0.0000000000       0.5915772560
H       0.0000000000       0.9327210617    -1.1773089520
H       0.0000000000    -0.9427210617    -1.2773089520

1 2 0
aug-cc-pVTZ
****
3 0
cc-pVTZ
****
4 0
aug-cc-pVQZ
****

2.3 说明
2.3.1 在输入文件#打头的那一行要有一个gen关键词告诉程序去输入文件结尾读取基组信息，这与按照元素符号定义基组是一样的。
2.3.2 一个需要知道的知识是Gaussian软件默认分子坐标所在的行数当做分子的编号，比如第三行的原子的编号为3，在GaussView中称作Lebel，大多数Gaussian使用者不知道的是原子编号是可以用来定义基组的。
2.3.3 下面说到关键部分，即输入文件末尾的基组信息定义。
a. 最常用的情况：对不同的元素用不同的基组，此时具体基组上面一行出现的是元素符号，那一行以数字0结尾。
b. 需要不同区域的同一种原子用不同的基组时：可以将元素符号替换为原子编号。如果多个原子都用同一种基组可以写在一行中，如果原子编号是连续的，可以用“-”来定义一个范围，比如“7-16”表示编号从7到16的所有原子。
c. 注意事项：原子编号那一行仍然以数字“0”结尾；赝势的定义中关于原子的这一行与基组的定义方式一致。