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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 采用PBE方法计算 如何输入？
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daniell251

木虫 (著名写手)

[求助] 采用PBE方法计算 如何输入？

一篇文献中说明了他们所采用的方法：
...Calculations used the exchange and correlation functionals of Perdew, Bueke, and Ernzerhof, and the TZVP basis set of Godbelt, Andzelm, and co-workers for carbon, hydrogen, oxygen and phosphorus. Calculations on gold employ the Stuttart 97 effective core potential and basis......

我采用了如下的输入 结果报错 说有# opt=modredundant freq pbe/genecp 这一行存在语法错误 哪位达人能够帮助我解答吗 还有 我的整个输入是不是都存在问题 谢谢啦

# opt=modredundant freq pbe/genecp

文件名

1 1

结构坐标

Au 0
sddall
****
C H P O 0
tzvp
****

Au
sddall


------------- 谢谢各位了

--------------- 问题貌似解决了 应该是在输入PBE 方法时 不能只输入一次 pbe 而是要采用 pbepbe . 可为什么会是这样呢 还有 我的其他输入有没有问题 谢谢大家了

[ Last edited by daniell251 on 2012-9-4 at 02:36 ]
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1楼 2012-09-04 22:16:46
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youji

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
daniell251: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2012-09-13 03:34:20
这一类的DFT方法输入时必须将交换和相关部分都输入的。交换相关都采用PBE的话，应该输入PBEPBE/gen  后面自己基组才可以的
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2楼2012-09-05 14:22:13
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daniell251

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by youji at 2012-09-04 18:22:13
这一类的DFT方法输入时必须将交换和相关部分都输入的。交换相关都采用PBE的话，应该输入PBEPBE/gen  后面自己基组才可以的

不是pbepbe/genecp ? 我采用的是混合基组啊 谢谢了
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3楼2012-09-06 00:35:48
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mearlt

新虫 (初入文坛)
你是计算什么呀？ 有机磷金表面吸附吗？
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梦想是人生的孤独旅行
4楼2015-01-23 21:43:15
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小范范1989

木虫 (著名写手)
赝势基组
简单来说，赝势就是不计算内层电子，而是把内层电子的贡献用一个势来描述，放在哈密顿里面。适用于重元素。
http://blog.163.com/ares_119/blog/static/1157851132009513378305/
赝势基组，实际上包括 赝势和基组两个部分，内层电子采用赝势，即effective core potential (ECP)，外层价电子采用一般的基组。 比如：
LanL2DZ: D95V on first row, Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi.
就是对第一行原子是 D95V (这个是非赝势基组)，对Na-Bi是使用一个叫做Los Alamos的有效核势加上一个DZ基组。所以Lanl2dz就是对前面的原子全电子基组，对后面的原子是赝势基组。 （再次说明，量化里面，C，O那一行，算周期表的第一行）
使用赝势的3个原因：
1。没有相应的全电子基组。
2。减少计算量。
3。赝势可以包含重金属相对论效应的修正。
在高斯中，lanl2dz基组，在手册中可以查到其定义为：
LanL2DZ: D95V on first row , Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi，也就是说，对于C，O等元素来说（量化中，H大概算第0周期，C，O才是第一周期），Lanl2dz实际上还是全电子基组，而对于Na以后才是对内层电子用Los Alamos ECP赝势，外层电子用DZ 基组。
使用赝势的输入文件：
1.所有原子使用lanl2dz
--------------------------
#HF/lanl2dz opt
lanl2dz for all atoms
0 2
O 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
--------------------------
2.所有原子使用lanl2dz的另一种输入方法。
--------------------------
#HF/genecp opt
lanl2dz for all atoms
0 2
O 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
C O 0
lanl2dz
****
Cu 0
lanl2dz //定义价电子的基组, C O 0 是碳，氧，零，其中零用作终止符号。
****
Cu 0
lanl2dz //定义内层电子的赝势
--------------------------
3.混和基组，即有的使用全电子，有的使用Lanl2dz。格式同2。
#HF/genecp opt
lanl2dz for Cu, 6-31G(d) for C and O
0 2
O 0.0 0.0 0.0
C 0.0 0.0 1.2
Cu 0.0 0.0 3.2
C O 0
6-31G(d) //另一种全电子基组
****
Cu 0
lanl2dz //定义价电子的基组
****
Cu 0
lanl2dz //定义内层电子的赝势

Gaussian和MolPro计算，对位于分子不同区域的同一种原子使用不同基组的定义方式
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8278533&pid=2#pid2
1、计算的需求：
    我们在计算中经常会遇到一种情况，就是分子比较大但又不至于太大而必须一部分使用类似QM/MM的方式处理，此时我们希望对整个分子用同一种计算方法（比如HF或MP2或CCSD(T)等），但想对分子的不同区域使用不同的基组，这与平常我们根据元素符号来定义基组有些不同，我们需要使用原子默认编号或自定义编号来定义基组。
2、Gaussian软件的设置方式：
2.1 关键词：gen
2.2 输入文件示例：甲醛分子，C和O用一种基组，两个H分别用另外两个不同的基组
------------------------------------------------------------------------------------------
# MP2/gen

MP2 calculation for formaldehyde

0 1
C          0.0000000000        0.0000000000       -0.5904227440
O          0.0000000000        0.0000000000        0.5915772560
H         0.0000000000        0.9327210617       -1.1773089520
H         0.0000000000       -0.9427210617       -1.2773089520

1 2 0
aug-cc-pVTZ
****
3 0
cc-pVTZ
****
4 0
aug-cc-pVQZ
****

2.3 说明
2.3.1 在输入文件#打头的那一行要有一个gen关键词告诉程序去输入文件结尾读取基组信息，这与按照元素符号定义基组是一样的。
2.3.2 一个需要知道的知识是Gaussian软件默认分子坐标所在的行数当做分子的编号，比如第三行的原子的编号为3，在GaussView中称作Lebel，大多数Gaussian使用者不知道的是原子编号是可以用来定义基组的。
2.3.3 下面说到关键部分，即输入文件末尾的基组信息定义。
    a. 最常用的情况：对不同的元素用不同的基组，此时具体基组上面一行出现的是元素符号，那一行以数字0结尾。
    b. 需要不同区域的同一种原子用不同的基组时：可以将元素符号替换为原子编号。如果多个原子都用同一种基组可以写在一行中，如果原子编号是连续的，可以用“-”来定义一个范围，比如“7-16”表示编号从7到16的所有原子。
    c. 注意事项：原子编号那一行仍然以数字“0”结尾；赝势的定义中关于原子的这一行与基组的定义方式一致。
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
5楼2015-01-24 11:16:39
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