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刁寒冰

银虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-23 12:24:07
一般情况下，测序只能保证600左右的准确性，虽然说每个反应在800bp左右，但两端的序列一般都不太保准，可以选择测通试试

我就是用的测通测序，但我的就只有500多bp呢
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11楼2012-08-23 22:06:47
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wittyjc at 2012-08-23 13:51:27
个人意见，你的序列里有特殊结构，比如较长的poly结构、发卡结构等，都会影响测序，有时甚至导致测序无法进行。

但如果含有这些特殊结构的话，应该影响PCR过程吧？PCR的时候能出来吗？
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12楼2012-08-23 22:08:48
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-23 12:22:33
你可以试着做一下tblastX分析，就是用的核苷酸序列去检索蛋白质。
存在一个情况就是：很多核苷酸不一定相似，但能够检索出相似的蛋白质。物种之间存在密码子的偏爱...

如果是没有blast出来对比序列，直接用核苷酸序列去检索蛋白质，会有结果吗？试试喽
不过刚看了看，不行，同源性太差了
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13楼2012-08-23 22:18:00
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jl860822

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-23 22:06:00
嗯，只能再问一下了，但没有上游引物的话，也能通过Walking方法测通吗？
实在不行的话 重新设计引物，重新送样了
谢啦...

你让测序公司帮你设计引物，他会用软件先进行一下评价，看适不适合测序，准确性会高一点，实在不行就直接做克隆得了，这样会更准确
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14楼2012-08-24 08:33:39
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tiani_tan

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-24 13:46:57
引用回帖:
13楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-23 22:18:00
如果是没有blast出来对比序列，直接用核苷酸序列去检索蛋白质，会有结果吗？试试喽
不过刚看了看，不行，同源性太差了...

比对之前去完载体序列了吗？
你分析一下测序结果中有没有你需要的完整的ORF，如果你的ORF从头到尾没有双峰出现的话，先向下开展实验吧。
如果影响你的实验的话，换一家公司试试，我以前在金斯特碰到过这种情况，后来换生工测序，问题解决了
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15楼2012-08-24 08:45:52
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-24 08:45:52
比对之前去完载体序列了吗？
你分析一下测序结果中有没有你需要的完整的ORF，如果你的ORF从头到尾没有双峰出现的话，先向下开展实验吧。
如果影响你的实验的话，换一家公司试试，我以前在金斯特碰到过这种情况， ...

嗯，只能暂时如此了！在试试
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16楼2012-08-24 09:23:26
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刁寒冰

银虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by jl860822 at 2012-08-24 08:33:39
你让测序公司帮你设计引物，他会用软件先进行一下评价，看适不适合测序，准确性会高一点，实在不行就直接做克隆得了，这样会更准确...

嗯 我在用各种方法试试了
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17楼2012-08-24 09:26:29
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