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刁寒冰

银虫 (小有名气)

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8楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-23 12:24:07
一般情况下,测序只能保证600左右的准确性,虽然说每个反应在800bp左右,但两端的序列一般都不太保准,可以选择测通试试

我就是用的测通测序,但我的就只有500多bp呢
11楼2012-08-23 22:06:47
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

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9楼: Originally posted by wittyjc at 2012-08-23 13:51:27
个人意见,你的序列里有特殊结构,比如较长的poly结构、发卡结构等,都会影响测序,有时甚至导致测序无法进行。

但如果含有这些特殊结构的话,应该影响PCR过程吧?PCR的时候能出来吗?
12楼2012-08-23 22:08:48
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

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7楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-23 12:22:33
你可以试着做一下tblastX分析,就是用的核苷酸序列去检索蛋白质。
存在一个情况就是:很多核苷酸不一定相似,但能够检索出相似的蛋白质。物种之间存在密码子的偏爱...

如果是没有blast出来对比序列,直接用核苷酸序列去检索蛋白质,会有结果吗?试试喽
不过刚看了看,不行,同源性太差了
13楼2012-08-23 22:18:00
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jl860822

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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10楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-23 22:06:00
嗯,只能再问一下了,但没有上游引物的话,也能通过Walking方法测通吗?
实在不行的话 重新设计引物,重新送样了
谢啦...

你让测序公司帮你设计引物,他会用软件先进行一下评价,看适不适合测序,准确性会高一点,实在不行就直接做克隆得了,这样会更准确
14楼2012-08-24 08:33:39
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-08-24 13:46:57
引用回帖:
13楼: Originally posted by 刁寒冰 at 2012-08-23 22:18:00
如果是没有blast出来对比序列,直接用核苷酸序列去检索蛋白质,会有结果吗?试试喽
不过刚看了看,不行,同源性太差了...

比对之前去完载体序列了吗?
你分析一下测序结果中有没有你需要的完整的ORF,如果你的ORF从头到尾没有双峰出现的话,先向下开展实验吧。
如果影响你的实验的话,换一家公司试试,我以前在金斯特碰到过这种情况,后来换生工测序,问题解决了
15楼2012-08-24 08:45:52
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

引用回帖:
15楼: Originally posted by tiani_tan at 2012-08-24 08:45:52
比对之前去完载体序列了吗?
你分析一下测序结果中有没有你需要的完整的ORF,如果你的ORF从头到尾没有双峰出现的话,先向下开展实验吧。
如果影响你的实验的话,换一家公司试试,我以前在金斯特碰到过这种情况, ...

嗯,只能暂时如此了!在试试
16楼2012-08-24 09:23:26
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刁寒冰

银虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by jl860822 at 2012-08-24 08:33:39
你让测序公司帮你设计引物,他会用软件先进行一下评价,看适不适合测序,准确性会高一点,实在不行就直接做克隆得了,这样会更准确...

嗯 我在用各种方法试试了
17楼2012-08-24 09:26:29
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