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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教PCR高手，使用SYBR Green I法进行荧光定量PCR对于产物大小有什么要求？
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czcpudai

铜虫 (正式写手)

[求助] 请教PCR高手，使用SYBR Green I法进行荧光定量PCR对于产物大小有什么要求？ 已有3人参与

本人打算做荧光定量PCR，现在做了普通的rt-pcr，三种基因的大小为352bp，362bp，228bp，结果都扩增出来了，下一步打算做荧光定量RT-PCR，荧光染料为SYBR，请问是不是可以接着使用普通Rt-PCR中所使用的引物呢，还是重新设计引物，使其产物大小在50-150bp之间？？？求解答？？
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1楼 2012-08-21 15:12:27
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johnkm66

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by chenguestc at 2012-08-22 20:18:01
228可以试试。
我做过80-400bp的，200多点有的引物还是可以的，但是片段太长PCR效率就有点低，并且有非特异PEAK, 我一般用60度退火，但是提高温度到65度，可以减少或者消除非特异PEAK.
具体条件不能完全根据报道， ...

市面上的RT-qPCR试剂盒大多退火温度都在42度，能到50度及以上的极少，因为酶不支持。60度以上到65度实际是最好的，可以消除RNA的二级结构。SYBR Green I是非饱和染料，片段长度太长，荧光信号会出现偏差，不死扩不出来，而是荧光信号出现偏差后的错误信息。
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18楼2014-08-26 11:51:57
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mutou1025

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-22 15:16:25
一般在100bp左右，重新设计引物。你的300多bp太大了。SYBR我记得程序变形退火时间 好像比普通PCR时间短。太大了会不会没有完全P出来啊
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2楼2012-08-22 13:25:33
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ywding0628

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-22 15:16:34
一般都在80-150bp之间，建议重新设计引物。如果是SOSO FAST（BIORAD）的mix， 退火延伸一共只有5s。
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性格埋下了人生的伏笔~
3楼2012-08-22 14:31:18
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助，七夕快乐 2012-08-23 15:55:31
228可以试试。
我做过80-400bp的，200多点有的引物还是可以的，但是片段太长PCR效率就有点低，并且有非特异PEAK, 我一般用60度退火，但是提高温度到65度，可以减少或者消除非特异PEAK.
具体条件不能完全根据报道，具体情况具体分析，不过个人觉得，100-200左右的就很好。如果你的228效果不好，可以试试重新设计引物把目标片段定于150bp左右。
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4楼2012-08-22 20:18:01
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