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realfio

金虫 (小有名气)

[求助] 请问rRNA二级结构如何预测?

最近想做昆虫的rRNA二级结构
看了很多文献,里面的方法都是一句话:“根据XX物种的rRNA二级结构,对本文的rRNA二级结构进行了预测”

我在http://www.rna.icmb.utexas.edu/SAE/2E/Folding2D/index.php中输入了rRNA序列,网站给我发了一个.bpseq和一个.seqbracket文件,用VARNAv3.7软件和RNAVIZ软件也可以画出图来,但是没有像文献里一样参考其他人的研究

请问各位高手,你们是如何根据别人已预测出的结构,对自己的rRNA二级结构进行预测的呢?

悬赏求解答!!!!觉得金币少还可以追加!!!!谢谢!!!!
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juzeliang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-09-06 13:41:48
RNA结构预测中,最常用的是基于热力学的预测方法和基于系统发生学的预测方法,现在一般用后者,因为他的准确性较高,但是缺点就是如果没有足够数量与目标(就是你的)RNA序列同源的RNA序列,就会出现你遇到的问题,没有对比的结构,所以建议采用前者。可以换一个预测软件试一试,RNAstructure、Vienna RNA package都挺不错的,祝顺利……
心明如镜,静如止水,止于至善……
2楼2012-09-05 18:28:23
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