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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[交流] 从plink 到beagle，在转换格式时，遇到的问题

各位乡亲父老，
    最近需要做phasing的工作，因此需要把数据从plink的ped,map格式，转换为beagle软件里的Genotypes file format。 其中用的一个pipeline，中间出现了错误信息，但是找不到解决原因，特来请教各位！

    错误信息如下：Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing out argument
        at c.d.a(Unknown Source)
        at c.d.a(Unknown Source)
        at phaser.Z.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.main(Unknown Source)
ERROR: out.pre_phase.bgl.phased does not exist or is empty
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1楼 2012-08-13 16:17:12
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 05:50:45
IllegalArgumentException是指参数不对，后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数

这个方法参数指的是什么，小女愚钝，还请赐教：）

对了，我使用的是软件GERMLINE提供的pipeline，从README来看，我只需要给相应的bash run.sh file.ped file.map out即可
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3楼2012-08-14 15:56:57
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★
淡蓝幽香(金币+1): 谢谢参与
IllegalArgumentException是指参数不对，后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数
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2楼2012-08-14 05:50:45
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
方法参数是指Java里的。
像你这种情况，最好是直接和germline联系
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4楼2012-08-14 18:46:24
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 18:46:24
方法参数是指Java里的。
像你这种情况，最好是直接和germline联系

已联系，无回复

似乎低版本的BEAGLE可以完成这个转换，等结果中
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-20 14:17:55
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