24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1449  |  回复: 4

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


[交流] 从plink 到beagle,在转换格式时,遇到的问题

各位乡亲父老,
    最近需要做phasing的工作,因此需要把数据从plink的ped,map格式,转换为beagle软件里的Genotypes file format。 其中用的一个pipeline,中间出现了错误信息,但是找不到解决原因,特来请教各位!

    错误信息如下:Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing out argument
        at c.d.a(Unknown Source)
        at c.d.a(Unknown Source)
        at phaser.Z.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.main(Unknown Source)
ERROR: out.pre_phase.bgl.phased does not exist or is empty
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香(金币+1): 谢谢参与
IllegalArgumentException是指参数不对,后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数
2楼2012-08-14 05:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 05:50:45
IllegalArgumentException是指参数不对,后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数

这个方法参数指的是什么,小女愚钝,还请赐教:)

对了,我使用的是软件GERMLINE提供的pipeline,从README来看,我只需要给相应的bash run.sh file.ped file.map out即可
3楼2012-08-14 15:56:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
方法参数是指Java里的。
像你这种情况,最好是直接和germline联系
4楼2012-08-14 18:46:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 18:46:24
方法参数是指Java里的。
像你这种情况,最好是直接和germline联系

已联系,无回复

似乎低版本的BEAGLE可以完成这个转换,等结果中
5楼2012-08-20 14:17:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 淡蓝幽香 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学 +6 妮妮ninicgb 2026-03-27 6/300 2026-03-27 17:18 by shangxh
[考研] 266分求材料化工冶金矿业等专业的调剂 +4 哇呼哼呼哼 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:02 by zhyzzh
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-25 7/350 2026-03-27 14:47 by 狂炫麦当当
[考研] 316求调剂 +5 Pigcasso 2026-03-24 5/250 2026-03-27 12:10 by zhshch
[考研] 一志愿郑大085600,310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[考研] 材料学硕333求调剂 +8 北道巷 2026-03-24 8/400 2026-03-27 10:18 by 我是小康
[考研] 349求调剂 +4 李木子啊哈哈 2026-03-25 4/200 2026-03-26 22:49 by fmesaito
[考研] 求调剂 +5 芦lty 2026-03-25 6/300 2026-03-26 20:49 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +6 谷雨上岸 2026-03-23 7/350 2026-03-26 18:55 by 不吃魚的貓
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 打过很多竞赛,085406控制工程300分,求调剂 +3 askeladz 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:08 by 给你你注意休息
[考研] 332求调剂 +6 032500 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:45 by 418490947
[考研] 网络空间安全0839招调剂 +4 w320357296 2026-03-25 6/300 2026-03-25 17:59 by 255671
[考研] 化学调剂 +6 yzysaa 2026-03-21 6/300 2026-03-25 09:27 by aa331100
[考研] 300分,材料,求调剂,英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程(085601) +5 WW.' 2026-03-23 7/350 2026-03-24 14:50 by sprinining
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
信息提示
请填处理意见