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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


[交流] 从plink 到beagle,在转换格式时,遇到的问题

各位乡亲父老,
    最近需要做phasing的工作,因此需要把数据从plink的ped,map格式,转换为beagle软件里的Genotypes file format。 其中用的一个pipeline,中间出现了错误信息,但是找不到解决原因,特来请教各位!

    错误信息如下:Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing out argument
        at c.d.a(Unknown Source)
        at c.d.a(Unknown Source)
        at phaser.Z.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.main(Unknown Source)
ERROR: out.pre_phase.bgl.phased does not exist or is empty
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淡蓝幽香(金币+1): 谢谢参与
IllegalArgumentException是指参数不对,后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数
2楼2012-08-14 05:50:45
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 05:50:45
IllegalArgumentException是指参数不对,后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数

这个方法参数指的是什么,小女愚钝,还请赐教:)

对了,我使用的是软件GERMLINE提供的pipeline,从README来看,我只需要给相应的bash run.sh file.ped file.map out即可
3楼2012-08-14 15:56:57
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方法参数是指Java里的。
像你这种情况,最好是直接和germline联系
4楼2012-08-14 18:46:24
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 18:46:24
方法参数是指Java里的。
像你这种情况,最好是直接和germline联系

已联系,无回复

似乎低版本的BEAGLE可以完成这个转换,等结果中
5楼2012-08-20 14:17:55
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