应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 从plink 到beagle，在转换格式时，遇到的问题
51/1返回列表
查看: 1581  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[交流] 从plink 到beagle，在转换格式时，遇到的问题

各位乡亲父老，
    最近需要做phasing的工作，因此需要把数据从plink的ped,map格式，转换为beagle软件里的Genotypes file format。 其中用的一个pipeline，中间出现了错误信息，但是找不到解决原因，特来请教各位！

    错误信息如下：Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing out argument
        at c.d.a(Unknown Source)
        at c.d.a(Unknown Source)
        at phaser.Z.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.(Unknown Source)
        at phaser.PhaseMain.main(Unknown Source)
ERROR: out.pre_phase.bgl.phased does not exist or is empty
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-08-13 16:17:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有4个 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
★
淡蓝幽香(金币+1): 谢谢参与
IllegalArgumentException是指参数不对，后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-14 05:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 05:50:45
IllegalArgumentException是指参数不对，后面的补充说明missing out argument是说缺少方法参数

这个方法参数指的是什么，小女愚钝，还请赐教：）

对了，我使用的是软件GERMLINE提供的pipeline，从README来看，我只需要给相应的bash run.sh file.ped file.map out即可
赞一下 回复此楼
3楼2012-08-14 15:56:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)
方法参数是指Java里的。
像你这种情况，最好是直接和germline联系
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-14 18:46:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 18:46:24
方法参数是指Java里的。
像你这种情况，最好是直接和germline联系

已联系，无回复

似乎低版本的BEAGLE可以完成这个转换，等结果中
赞一下 回复此楼
5楼2012-08-20 14:17:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 淡蓝幽香 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 科研孤儿太难了 +10 我4大白菜 2026-08-20 10/500 2026-08-20 20:04 by littlezl
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 言之凿凿，明天官网会通知放榜？ +14 医学老男孩 2026-08-20 16/800 2026-08-20 15:47 by LNP@mRNA
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭