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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何从上万条氨基酸序列中挑选出所有含有“RXLR”这一特定氨基酸组合的序列？
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hjlong999

禁虫 (小有名气)
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1楼 2012-08-12 17:22:42
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

cpn

木虫 (正式写手)
额，我也很想知道噢。
难道把序列全复制到word或excel里，用查找的功能找？
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3楼2012-08-13 14:46:34
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liruimin1990

铜虫 (初入文坛)
试试HMMer软件，不过我也不是特别精通，向生物信息的同学问下。
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4楼2012-08-14 00:26:25
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qiuqu_200212

至尊木虫 (知名作家)

无助又无奈

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
找一个分子生物学与生物信息学都牛的人了解一下，然后在找相关软件弄。
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无奈又无助的天鹅，孤零零
5楼2012-08-14 08:27:36
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hjlong999: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-16 09:12:33
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流 2012-08-16 13:38:45
引用回帖:
8楼: Originally posted by hjlong999 at 2012-08-15 10:11:56

不知道你想不想用Excel来分析。
你是不是只想要是或者不是？
我现在可以给你一个简单的函数找出protein sequence是否有"R?LR".
1将protein sequence 导入A 列 中，在对应的B1中输入下列函数
=IFERROR(SEARCH("R?LR",A1,1),""
向下拖动即可

B列中出现的数字表示在这个sequence中第一个出现RXLR, 中R的位置。
没数字表示没有这个peptide片段

由于函数计算比较费内存，建议每个excel中导入的protein sequence不要太多。
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9楼2012-08-16 05:06:26
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lzjessie_wlf at 2012-08-16 05:06:26
不知道你想不想用Excel来分析。
你是不是只想要是或者不是？
我现在可以给你一个简单的函数找出protein sequence是否有"R?LR".
1将protein sequence 导入A 列 中，在对应的B1中输入下列函数
=IFERRO ...

校正，输入大括号里面的函数。不要复制空格
{      =IFERROR(SEARCH("R?LR",A1,1),""          }

上面回复的函数中最后的那个小括号被笑脸代替了。
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10楼2012-08-16 05:12:27
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hjlong999

禁虫 (小有名气)
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2楼2012-08-13 13:09:02
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hjlong999

禁虫 (小有名气)
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6楼2012-08-14 15:46:12
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lzjessie_wlf

金虫 (小有名气)
EXCEL vba?
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7楼2012-08-14 16:58:50
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hjlong999

禁虫 (小有名气)
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8楼2012-08-15 10:11:56
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