24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3943)
>休闲灌水 (379)
>虫友互识 (355)
>导师招生 (223)
>博后之家 (158)
>文献求助 (141)
>招聘信息布告栏 (113)
>论文投稿 (91)
>硕博家园 (51)
>考博 (34)
>育儿交流 (32)
>学术会议 (32)
>基金申请 (32)
>教师之家 (26)
>有机交流 (22)
>考研 (18)

返回列表

mengsk

金虫 (著名写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 53
散金: 1056
红花: 8
帖子: 1375
在线: 240.6小时
虫号: 392814
注册: 2007-06-05
性别: GG
专业: 催化化学

[求助] Tinker的proper dihedral的是能函数形式是什么？

请问Tinker的proper dihedral的是能函数形式是什么？我想把他接到Gromacs里面
一篇文献中的输入文件是这样写的：

##  Torsional Parameters  ##
torsion    1 1 1 1    1.300 0.0 1 -0.050 180.0 2 0.200 0.0 3
torsion    1 1  202  203 0.612 0.0 1 0.107 0.0 2 -0.572 0.0 3 0.024 0.0 4 -0.127 0.0 5
torsion    1 1  203  202 -0.292 0.0 1 0.004 0.0 2 -0.914 0.0 3 -0.111 0.0 4
torsion    1  203  203 1             7.250 180.0 2

我查了Tinker的manual，一直没能找到它的函数形式，
自己感觉好像是 V=Σ 1/2[1+cos(nΦ-Φ0)]的形式，不知道对不对？
是不是不同的二面角用了不同的项数，比如第一个二面角用了3项，第二个用了5项，第三个用了4项，第四个只用了第二项？
请高手指教一下，说得详细一点儿。

[ Last edited by mengsk on 2012-8-5 at 14:06 ]

回复此楼