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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 高通量测序分析微生物物种的丰度
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hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 高通量测序分析微生物物种的丰度

最近想利用高通量测序仪来分析环境微生物群落，问个问题。高通量测序能分析微生物的丰度至属吗？华大说用Illumina测序16S rRNA只能分析至科，这样对我来说意义不大，如果能分析到属，意义就大多了。是否真的如华大所述？
由于目前只想知道物种的丰度，不想了解功能基因，所以只想测16S rRNA。如果能有意义才会去做de nove 测序。
另外能否自己扩增出V6区，然后用454测序而不用Illumina测序？
望高手赐教！
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1楼 2012-08-03 13:50:00
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 江西南昌人 at 2013-01-04 21:22:30
您好！现在454平台已经升级了，可以做到3个V区，如V1-V3，V3-V5，V4-V6，定位到属应该是没问题的。上海派森诺生物最近做的几个项目，大部分reads分布在500bp以上了，定位到属不是问题！我这边有他们公司一个销售的邮 ...

定位到属需要测多少reads，5000条还是10000条。谢谢
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14楼2013-01-09 09:19:35
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girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:18:07
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-03 19:41:14
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。
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2楼2012-08-03 14:17:50
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hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-03 14:17:50
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。

如果用454测序还想做出属的丰度，怎么做？V4-V6？
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4楼2012-08-03 16:54:21
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girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-04 10:29:29
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-16 21:07:14
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的，你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文，引物和测序区域的选择非常讲究。
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5楼2012-08-04 10:03:58
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