应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 高通量测序分析微生物物种的丰度
52/1返回列表
查看: 4926  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)

[求助] 高通量测序分析微生物物种的丰度

最近想利用高通量测序仪来分析环境微生物群落，问个问题。高通量测序能分析微生物的丰度至属吗？华大说用Illumina测序16S rRNA只能分析至科，这样对我来说意义不大，如果能分析到属，意义就大多了。是否真的如华大所述？
由于目前只想知道物种的丰度，不想了解功能基因，所以只想测16S rRNA。如果能有意义才会去做de nove 测序。
另外能否自己扩增出V6区，然后用454测序而不用Illumina测序？
望高手赐教！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-08-03 13:50:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 飞翔珊瑚海 at 2012-09-19 16:09:22
为什么分析到属，意义就大多了？接下来还能分析什么呢？

有啥用？对水处理就有用。
赞一下 回复此楼
11楼2012-09-20 20:32:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流问题。 2012-08-03 18:18:07
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-03 19:41:14
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。
赞一下 回复此楼
2楼2012-08-03 14:17:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hengyue5257

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by girlfisher at 2012-08-03 14:17:50
对于复杂环境样品，454测超过400bp(2个可变区)才一般可以把一半序列分类到属，V6片断太短不利于分类。

如果用454测序还想做出属的丰度，怎么做？V4-V6？
赞一下 回复此楼
4楼2012-08-03 16:54:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hengyue5257: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-08-04 10:29:29
rainwander: 金币+1, 鼓励交流 2012-08-16 21:07:14
V12, V45和V56的片断长度比较适合454测序测通,当然也有用其他双区的，你需要查查关于你的环境样品的454测序分析多样性的论文，引物和测序区域的选择非常讲究。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2012-08-04 10:03:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 4/200 2026-08-08 17:19 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 qTvzQBRAHjCi 2026-08-07 5/250 2026-08-08 17:02 by oEVWOejN9taj
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:27 by oEVWOejN9taj
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 16:22 by oEVWOejN9taj
[基金申请] fileCode有新解读？ +9 Tide man 2026-08-08 17/850 2026-08-08 14:56 by archvillain
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +5 布布和一二 2026-08-08 8/400 2026-08-08 14:54 by archvillain
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 6/300 2026-08-08 14:42 by oEVWOejN9taj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 5/250 2026-08-08 14:07 by oEVWOejN9taj
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +11 且听虎啸 2026-08-07 14/700 2026-08-08 12:50 by 布布和一二
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] 大家散了吧，后缀研究没有意义，别浪费时间了，过好目前的每一天，不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 8月时间戳变的，举个手。玩一下，释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭