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yuliansheng

金虫 (小有名气)

[求助] 求引物设计

第一次做引物设计,一头雾水,什么都不太懂。查了一大堆资料,感觉还是不太会设计。求助大家,帮着给看看。我老师就我说了三句话——1,引物长度大概在20-30;2,引物中G和C多点好(查了一些资料,写着“引物GC含量在40%~60%之间,Tm 值最好接近72℃”);3,引物3'是G或C。序列如下:
GTGTTAATCACAGGAGGCAATAAAGGGTTAGGCTATGCAAGTGCAGAGGCACTTAAAGCATTGGGTTACAAAGTTTATATAGGTTCTCGGAATGATGTAAGAGGACAACAAGCATCACAAAAATTAGGTGTTCATTATGTACAGTTAGATGTTACAAGTGACTACTCAGTCAAAAATGCTTATAACATGATTGCTGAAAAAGAAGGCCGTCTTGATATCCTCATTAACAATGCAGGTATATCTGGTCAATTTTCAGCACCTTCCAAATTGACACCTCGTGACGTTGAAGAAGTATATCAAACGAATGTATTCGGTATCGTACGAATGATGAATACATTCGTCCCTCTCTTAGAAAAATCTGAACAACCTGTTGTCGTCAACGTATCAAGTGGTTTAGGTTCATTTGGAATGGTTACAAACCCCGAAACAGCTGAATCTAAAGTGAATTCATTAGCTTATTGTTCGTCTAAATCGGCAGTAACAATGCTAACGCTACAATACGCTAAAGGATTACCTAACATGCAAATCAATGCTGCTGATCCAGGCGCTACAAATACTGATTTAGTTGGTGATTTTAGTAATAATTCCAAACACGTTTCTGAAGGAATCAAGCCAATCATTCAATTAGCAACGATTGGTGCAGATGGCCCAACAGGTACATTTATTAATGGCGATGGAGAGATGCCTTGGTAGATCAATTTTATGTTACAAACATTGAAATTAGAGGTATATAAAAAATGCTTCTGCAATAGATGCAATAAACATGCAATACAATATGGAGGCGAAGTAAATGAAAAGTATTACGTTTGAAGAACATTATGTCATTGAAGATATTCAAAAAGAAACGATGAATGCGATATCAGCAGATCCTAAAGGTGTACCGATGAAAGTAATGTTAGAAGGCCTTGAAAAAAAGACAGGTTTTACAAATGCCGACGAATTATCACATCATGATGAACGTATCCAATTTATGAATAATCAAGACGTTCAAATTCAAG
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuliansheng: 金币+2, 有帮助, 谢谢回帖。 2012-08-08 09:07:22
可以给生工生物的primer@sangon.com发邮件,请他们帮你设计,邮件提供序列信息,引物长度、用途等信息,不收费的
2楼2012-08-03 13:32:37
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cll881125

新虫 (初入文坛)

用primer 5 软件试试,能设计出好几条,再按照你老师给你说的引物设计原则来初步筛选,再PCR筛选
3楼2012-08-03 14:15:55
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ankang0910

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuliansheng: 金币+2, 有帮助, 谢谢回帖 2012-08-08 09:07:47
我一般手工设计引物,3个保护碱基+6个酶切位点+15~20你的目的片段(完全匹配,G或C结尾)。下游引物要注意提交反向互补的序列。
实验顺利!!
4楼2012-08-04 10:16:21
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aofeng860308

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yuliansheng: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回帖帮助 2012-08-08 09:08:10
保护碱基+酶切位点+GTGTTAATCACAGGAGGCAA
保护碱基+酶切位点+CTTGAATTTGAACGTCTTGAT

试试这对,应该没问题。
提供一个引物设计网站http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer
5楼2012-08-04 15:38:58
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