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yuliansheng

金虫 (小有名气)

[求助] 求引物设计

第一次做引物设计，一头雾水，什么都不太懂。查了一大堆资料，感觉还是不太会设计。求助大家，帮着给看看。我老师就我说了三句话——1，引物长度大概在20-30；2，引物中G和C多点好（查了一些资料，写着“引物GC含量在40%~60%之间，Tm 值最好接近72℃”）；3，引物3'是G或C。序列如下：
GTGTTAATCACAGGAGGCAATAAAGGGTTAGGCTATGCAAGTGCAGAGGCACTTAAAGCATTGGGTTACAAAGTTTATATAGGTTCTCGGAATGATGTAAGAGGACAACAAGCATCACAAAAATTAGGTGTTCATTATGTACAGTTAGATGTTACAAGTGACTACTCAGTCAAAAATGCTTATAACATGATTGCTGAAAAAGAAGGCCGTCTTGATATCCTCATTAACAATGCAGGTATATCTGGTCAATTTTCAGCACCTTCCAAATTGACACCTCGTGACGTTGAAGAAGTATATCAAACGAATGTATTCGGTATCGTACGAATGATGAATACATTCGTCCCTCTCTTAGAAAAATCTGAACAACCTGTTGTCGTCAACGTATCAAGTGGTTTAGGTTCATTTGGAATGGTTACAAACCCCGAAACAGCTGAATCTAAAGTGAATTCATTAGCTTATTGTTCGTCTAAATCGGCAGTAACAATGCTAACGCTACAATACGCTAAAGGATTACCTAACATGCAAATCAATGCTGCTGATCCAGGCGCTACAAATACTGATTTAGTTGGTGATTTTAGTAATAATTCCAAACACGTTTCTGAAGGAATCAAGCCAATCATTCAATTAGCAACGATTGGTGCAGATGGCCCAACAGGTACATTTATTAATGGCGATGGAGAGATGCCTTGGTAGATCAATTTTATGTTACAAACATTGAAATTAGAGGTATATAAAAAATGCTTCTGCAATAGATGCAATAAACATGCAATACAATATGGAGGCGAAGTAAATGAAAAGTATTACGTTTGAAGAACATTATGTCATTGAAGATATTCAAAAAGAAACGATGAATGCGATATCAGCAGATCCTAAAGGTGTACCGATGAAAGTAATGTTAGAAGGCCTTGAAAAAAAGACAGGTTTTACAAATGCCGACGAATTATCACATCATGATGAACGTATCCAATTTATGAATAATCAAGACGTTCAAATTCAAG
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学习....
1楼 2012-08-02 22:27:49
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tiani_tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuliansheng: 金币+2, ★有帮助, 谢谢回帖。 2012-08-08 09:07:22
可以给生工生物的primer@sangon.com发邮件，请他们帮你设计，邮件提供序列信息，引物长度、用途等信息，不收费的
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2楼2012-08-03 13:32:37
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cll881125

新虫 (初入文坛)
用primer 5 软件试试，能设计出好几条，再按照你老师给你说的引物设计原则来初步筛选，再PCR筛选
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3楼2012-08-03 14:15:55
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ankang0910

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuliansheng: 金币+2, ★有帮助, 谢谢回帖 2012-08-08 09:07:47
我一般手工设计引物，3个保护碱基+6个酶切位点+15~20你的目的片段（完全匹配，G或C结尾）。下游引物要注意提交反向互补的序列。
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实验顺利！！
4楼2012-08-04 10:16:21
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aofeng860308

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yuliansheng: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回帖帮助 2012-08-08 09:08:10
保护碱基+酶切位点+GTGTTAATCACAGGAGGCAA
保护碱基+酶切位点+CTTGAATTTGAACGTCTTGAT

试试这对，应该没问题。
提供一个引物设计网站http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer
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5楼2012-08-04 15:38:58
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