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[求助]
第一次做AFLP，各种茫然求指点
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以前没有经验，哪步出错了也不晓得，请做过的帮忙指点： 1.酶切后电泳图片（图1）：条带大小正常吗？10000的marker 2.选择性扩增条带很弥散（图2），用1%琼脂糖胶跑电泳紫外透射观察的。这样做有什么问题？很多文献都是用银染法观察，必须这样做吗？  图1. 从左到右：酶切片段1，酶切片段2，目的基因组，10000marker  图2 从左到右：选择性扩增条带，10000marker |
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 【分子生物】EPI帖 | 核酸与基因生物学 |
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【答案】应助回帖
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小丹木木: 金币+5, MolEPI+1, 鼓励积极热心应助 2012-08-07 15:42:23
虫儿7893: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-08-07 17:03:35
小丹木木: 金币+5, MolEPI+1, 鼓励积极热心应助 2012-08-07 15:42:23
虫儿7893: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-08-07 17:03:35
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AFLP一般分为酶切、连接、预扩、选扩4个步骤，而且对于基因组DNA的纯度要求比较高，建议你测一下260/280比值，看看纯度如何，之后再进行实验。 至于选扩产物弥散，一个原因跟基因组DNA纯度有关，如果纯度没有问题的话，那可能跟你的引物有关，引物的选择性碱基根据文献确认，一般为G或T比较好一点，自己也可以都做一下看看结果，如果都是弥散，就可以试着再加一个碱基做一下，根据AFLP原理，选择性碱基越多，条带越少。 建议你带一个确定的基因组DNA，比如你做大肠的，就找一个大肠纯菌株DNA一起做，这样如果它能做出来，而你的样品做不出来，那实验条件没有问题，而你的样品就有问题。 至于银染法和琼脂糖电泳，由于我只做过后面一个，只能凭经验来说：能用琼脂糖分开的其实用琼脂糖就可以了。 |
3楼2012-08-07 11:57:02
2楼2012-08-04 11:03:12
poog502
木虫 (正式写手)
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1. 琼脂糖的分辨率低，片段越小看起来越糟糕。 2. 可以将eb或gelred等荧光燃料加进PAGE胶中，再紫外拍照就可以，不用银染，具体可参考本课题组论文http://www.academicjournals.org/ ... enpei%20et%20al.pdf |
4楼2012-08-08 08:19:53
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5楼2012-08-08 08:33:52
