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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » DPD模拟中初始体系设置的问题
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RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)

[求助] DPD模拟中初始体系设置的问题

在使用DPD模拟时，如何设置体系（溶剂是水，溶质是聚合物）中的PH值，几种方法？体系的盐度(就是想表达出水里含有一定量的钙，镁离子就行)呢？
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1楼 2012-07-28 06:33:43
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

水月笼沙

银虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-29 22:27:21
引用回帖:
3楼: Originally posted by RSQ蜗牛 at 2012-07-31 16:04:51
我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。...

看过一个帖子~先用Forcite优化结构，在用Blends进行全分子的计算模拟，得到的CHI值就是Xij，利用公式得到aij
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6楼2012-08-29 19:20:01
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-28 14:02:00
RSQ蜗牛: 金币+5, ★有帮助 2012-07-31 15:58:10
你的体系要求首先要求你的DPD能处理静电相互作用，但是现在任何成型的DPD软件包里面都没有静电的实现。

如果你想继续这个工作：
1，自己在DPD中把静电相互作用添加进去，而后才可以考虑你的静电作用。
2，和别人合作，利用别人已经实现好的代码计算自己的体系。
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2楼2012-07-28 08:11:33
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-31 22:39:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by RSQ蜗牛 at 2012-07-31 09:04:51
我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。...

推荐看两篇文章

1997-JCP-107-4423
2001-Biophysical J-？？-725

里面有很详细的求导过程，可以仔细阅读

有时间可以多看看其他的针对具体体系的CG过程，希望对你有帮助。

物理学进展上有篇中文综述，可以去看看。
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刘雪鹏 cao8916
4楼2012-07-31 17:48:40
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普通回帖

RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2012-07-28 08:11:33
你的体系要求首先要求你的DPD能处理静电相互作用，但是现在任何成型的DPD软件包里面都没有静电的实现。

如果你想继续这个工作：
1，自己在DPD中把静电相互作用添加进去，而后才可以考虑你的静电作用。
2，和别 ...

我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。
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3楼2012-07-31 16:04:51
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RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2012-07-31 17:48:40
推荐看两篇文章

1997-JCP-107-4423
2001-Biophysical J-？？-725

里面有很详细的求导过程，可以仔细阅读

有时间可以多看看其他的针对具体体系的CG过程，希望对你有帮助。

物理学进展上有篇中文综述， ...

谢谢。
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5楼2012-08-02 06:10:35
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sdjisuan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 水月笼沙 at 2012-08-29 19:20:01
看过一个帖子~先用Forcite优化结构，在用Blends进行全分子的计算模拟，得到的CHI值就是Xij，利用公式得到aij...

请问在用blends模块算的时候，可以只算一个单体分子的F-H吗？还是必须是整个聚合物
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Doit!
7楼2012-09-01 10:11:34
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水月笼沙

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sdjisuan at 2012-09-01 10:11:34
请问在用blends模块算的时候，可以只算一个单体分子的F-H吗？还是必须是整个聚合物...

我算时用的是单个单体~~~
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8楼2012-09-01 13:44:26
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刘雪鹏

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2012-07-31 17:48:40
推荐看两篇文章

1997-JCP-107-4423
2001-Biophysical J-？？-725

里面有很详细的求导过程，可以仔细阅读

有时间可以多看看其他的针对具体体系的CG过程，希望对你有帮助。

物理学进展上有篇中文综述， ...

你好，你所得这两篇文献是DPD模拟经典文章，你能据具体说一下物理学进展那篇中文文献吗？
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9楼2012-09-21 15:22:46
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 刘雪鹏 at 2012-09-21 08:22:46
你好，你所得这两篇文献是DPD模拟经典文章，你能据具体说一下物理学进展那篇中文文献吗？...

耗散粒子动力学模拟方法在软物质体系研究中的一些进展与应用
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10楼2013-09-15 19:52:23
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