应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » DPD模拟中初始体系设置的问题
52/1返回列表
查看: 2076  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)

[求助] DPD模拟中初始体系设置的问题

在使用DPD模拟时，如何设置体系（溶剂是水，溶质是聚合物）中的PH值，几种方法？体系的盐度(就是想表达出水里含有一定量的钙，镁离子就行)呢？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-07-28 06:33:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cao8916

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2012-07-31 17:48:40
推荐看两篇文章

1997-JCP-107-4423
2001-Biophysical J-？？-725

里面有很详细的求导过程，可以仔细阅读

有时间可以多看看其他的针对具体体系的CG过程，希望对你有帮助。

物理学进展上有篇中文综述， ...

您好，能不能把2001-Biophysical J-？？-725  发给我呢，我找了很久没找到
赞一下 回复此楼
乐观面对，勇往直前
11楼2013-09-16 10:31:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-07-28 14:02:00
RSQ蜗牛: 金币+5, ★有帮助 2012-07-31 15:58:10
你的体系要求首先要求你的DPD能处理静电相互作用，但是现在任何成型的DPD软件包里面都没有静电的实现。

如果你想继续这个工作：
1，自己在DPD中把静电相互作用添加进去，而后才可以考虑你的静电作用。
2，和别人合作，利用别人已经实现好的代码计算自己的体系。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-07-28 08:11:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

RSQ蜗牛

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tianlangxingaa at 2012-07-28 08:11:33
你的体系要求首先要求你的DPD能处理静电相互作用，但是现在任何成型的DPD软件包里面都没有静电的实现。

如果你想继续这个工作：
1，自己在DPD中把静电相互作用添加进去，而后才可以考虑你的静电作用。
2，和别 ...

我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。
赞一下 回复此楼
3楼2012-07-31 16:04:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-31 22:39:29
引用回帖:
3楼: Originally posted by RSQ蜗牛 at 2012-07-31 09:04:51
我还想问一下，DPD相互作用参数aij(ij为下标)到底是怎么求出来的。文献上说用Blends模块，求F-H参数(xij,ij为下标)，再用公式aij=aii+3.27xij。可是关于Blends这里求出来的xij。我始终就没试明白。...

推荐看两篇文章

1997-JCP-107-4423
2001-Biophysical J-？？-725

里面有很详细的求导过程，可以仔细阅读

有时间可以多看看其他的针对具体体系的CG过程，希望对你有帮助。

物理学进展上有篇中文综述，可以去看看。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

刘雪鹏 cao8916
4楼2012-07-31 17:48:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭