24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1354  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] DNA模拟

请问大家有将DNA变形后,模拟的吗?有将他们变形成发卡结构的吗?都怎么变的呢?有什么软件改的?
回复此楼

» 猜你喜欢

00fei00fei00fei00fei00fei00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmz148002989

新虫 (初入文坛)

DNA的变形是很容易达到的,用SMD固然可以,但是很麻烦而且可操作性很差。这种变形用VMD的TCL命令就完美建模
3楼2012-08-01 12:15:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

candery

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-26 16:19:36
xingyanfei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-07-27 20:19:40
我做过短片段的DNA模拟,六个碱基对,在100ns范围内没发现明显形变,只是看到有碱基对打开的情况。
要得到发夹结构的DNA可能需要额外对DNA施加外力对它形变,即做SMD;或者直接找到发夹结构进行模拟。
我推荐用AMBER程序和AMBER99的力场,这个力场计算DNA比较准确。
2楼2012-07-26 14:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-08-01 12:15:44
DNA的变形是很容易达到的,用SMD固然可以,但是很麻烦而且可操作性很差。这种变形用VMD的TCL命令就完美建模

请教tcl命令,如何改变呢?可以加好友吗?
00fei00fei00fei00fei00fei00
4楼2012-08-01 16:34:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +8 革微桂 2026-04-04 8/400 2026-04-04 23:36 by lqwchd
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 pz2rtogely 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:52 by 4kq94j3ob2
[考研] 求调剂 +7 xzghyuj 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:25 by oooqiao
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 282电子信息0854专硕调剂 +4 202451007219 2026-04-02 6/300 2026-04-04 21:55 by laoshidan
[考研] 338求调剂 +7 晟功? 2026-04-03 7/350 2026-04-04 20:37 by 蓝云思雨
[考研] 315求调剂 +13 小羊小羊_ 2026-04-02 14/700 2026-04-04 20:30 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿上海大学生物学346 +3 上海大学346调剂 2026-04-03 3/150 2026-04-04 20:20 by dongzh2009
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 293分求调剂,外语为俄语 +6 加一一九 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:57 by 聪明的大松鼠
[考研] 工科 267求调剂 +5 wanwan00 2026-04-02 7/350 2026-04-03 14:14 by zhangdingwa
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦! 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 316求调剂 +14 舟自梗 2026-04-01 18/900 2026-04-03 10:28 by linyelide
[考研] 材料考研调剂 +10 Gs大王 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:47 by 遗忘消失的灆
[考研] 309求调剂 +14 呆菇不是戴夫 2026-04-02 14/700 2026-04-03 09:42 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂22408 288分 +5 new382 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:13 by 醉在风里
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 一志愿大连理工大学材料求调剂 +6 Gymno 2026-03-30 6/300 2026-03-31 07:26 by 无际的草原
信息提示
请填处理意见