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xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] DNA模拟

请问大家有将DNA变形后，模拟的吗?有将他们变形成发卡结构的吗？都怎么变的呢？有什么软件改的？
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1楼 2012-07-26 08:18:33
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)
DNA的变形是很容易达到的，用SMD固然可以，但是很麻烦而且可操作性很差。这种变形用VMD的TCL命令就完美建模
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3楼2012-08-01 12:15:44
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candery

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-07-26 16:19:36
xingyanfei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-07-27 20:19:40
我做过短片段的DNA模拟，六个碱基对，在100ns范围内没发现明显形变，只是看到有碱基对打开的情况。
要得到发夹结构的DNA可能需要额外对DNA施加外力对它形变，即做SMD；或者直接找到发夹结构进行模拟。
我推荐用AMBER程序和AMBER99的力场，这个力场计算DNA比较准确。
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2楼2012-07-26 14:21:34
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xingyanfei

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-08-01 12:15:44
DNA的变形是很容易达到的，用SMD固然可以，但是很麻烦而且可操作性很差。这种变形用VMD的TCL命令就完美建模

请教tcl命令，如何改变呢？可以加好友吗？
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4楼2012-08-01 16:34:32
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